تعداد نشریات | 31 |
تعداد شمارهها | 743 |
تعداد مقالات | 7,071 |
تعداد مشاهده مقاله | 10,142,129 |
تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 6,855,325 |
ارزیابی تنوع مولکولی و روابط ژنتیکی بین ارقام برنج (Oryza sativa L.) | ||
تحقیقات غلات | ||
مقاله 1، دوره 7، شماره 1، خرداد 1396، صفحه 33-50 اصل مقاله (687.42 K) | ||
نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
شناسه دیجیتال (DOI): 10.22124/c.2017.2427 | ||
نویسندگان | ||
ادیبه نیلی1؛ بابک ربیعی* 2؛ مهرزاد اله قلی پور3؛ علی اکبر عبادی3 | ||
1دانش آموخته کارشناسی ارشد، گروه زراعت و اصلاح نباتات، دانشکده علوم کشاورزی دانشگاه گیلان، رشت، ایران | ||
2استاد، گروه زراعت و اصلاح نباتات، دانشکده علوم کشاورزی دانشگاه گیلان، رشت، ایران | ||
3استادیار پژوهش، بخش اصلاح و تهیه بذر، موسسه تحقیقات برنج کشور، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، رشت، ایران | ||
چکیده | ||
هدف از این تحقیق، ارزیابی تنوع و روابط ژنتیکی بین 57 رقم برنج موجود در کلکسیون موسسه تحقیقات برنج کشور شامل 26 رقم بومی ایرانی، 13 رقم اصلاحشده ایرانی و 18 رقم وارداتی بود کهبا استفاده از 38 نشانگر ریزماهواره پیوسته با ویژگیهایکمی و کیفی روی کروموزوم 6 برنج انجام شد. در مجموع 281 آلل در ژنوتیپهای مورد مطالعه شناسایی شد و تعداد آللها در هر جایگاه ریزماهواره از دو تا یازده آلل متغیر بود. میانگین تعداد آللهای مشاهده شده و موثر بهترتیب 39/7 و 15/5 آلل و میانگین تنوع ژنی نئی، شاخص تنوع شانون و میزان اطلاعات چندشکلی نیز بهترتیب 752/0، 685/1 و 741/0 بهدست آمد که نشاندهنده وجود تنوع بالا بین ژنوتیپهای مورد مطالعه بود. برآورد شاخصهای تنوع جهت مقایسه نشانگرهای مطالعهشده نشان داد که بهترتیب نشانگرهایRM510 ، RM225، RM31،RM402، RM528، RM204، RM162، RM584 وRM3 با دارا بودن بالاترین مقادیر تنوع در جمعیت مورد مطالعه، بهعنوان موثرترین نشانگرها جهت بررسی تنوع ژنتیکی در برنج بودند. ارزیابی تشابه ژنتیکی بین ارقام بومی، اصلاحشده و وارداتی برنج نشان داد که بیشترین تشابه بین ارقام بومی و اصلاحشده و کمترین تشابه بین ارقام اصلاحشده و وارداتی وجود داشت. تجزیه خوشهای به روش UPGMA بر اساس ضریب تشابه جاکارد، 57 رقم مورد مطالعه را در چهار گروه جداگانه قرار داد، بهطوریکه ارقام بومی، اصلاح شده و وارداتی تا حدود زیادی از هم تفکیک شدند. بنابراین، بر اساس نتایج این تحقیق پیشنهاد میشود که ضمن استفاده از نشانگرهای RM510، RM225، RM31،RM402، RM528، RM204، RM162، RM584 وRM3بهعنوان نشانگرهای کارامد و آگاهیبخش در مطالعات مربوط به تعیین تنوع ارقام برنج، از تلاقی بین ارقام موجود در گروههای دورتر حاصل از تجزیه خوشهای نیز میتوان برای تهیه ارقام جدید دارای ویژگیهای کمی و کیفی متنوع استفاده کرد. | ||
کلیدواژهها | ||
ارقام بومی؛ نشانگر ریزماهواره؛ ویژگی هایکمی و کیفی | ||
مراجع | ||
Aghazadeh, R., Ghareyazie, B., Nematzadeh, Gh. and Babaeian Jelodar, N. 2004. Classification of Iranian rice germplasm by RAPD markers. Journal of Agricultural Science 3: 757-767. (In Persian with English Abstract).##Alvarez, A., Fuentes, J. L., Puldón, V., Gómez, P. J., Mora, L., Duque, M. C., Gallego, G. and Tohme, J. M. 2007. Genetic diversity analysis of Cuban traditional rice (Oryza sativa L.) varieties based on microsatellite markers. Genetics and Molecular Biology 4: 1109-1117.##Allahgholipour, M., Farshadfar,E. and Rabiei,B. 2014. Evaluation of molecular diversity in rice (OryzasativaL.) genotypes using microsatellite markers linked to agronomic and grain physico-chemical characteristics. Iranian Journal of Crop Sciences 15 (4): 337-354. (In Persian with English Abstract).##Bao, J. S., Corke,H., He, P. and Zhu, L. H. 2003. Analysis of quantitative trait loci for starch properties of rice based on an RIL population. Acta Botanica Sinica 45: 986-994.##Bao, J., Corke, H. and Sun, M. 2006. Analysis of genetic diversity and relationships in waxy rice (Oryza sativa L.) using AFLP and ISSR markers. Genetic Resources and Crop Evolution 53: 323-330.##Choudhury, B., Latif-Khan,M. and Dayanandan,S. 2013. Genetic structure and diversity of indigenous rice (Oryza sativa) varieties in the Eastern Himalayan region of Northeast India. Springer Plus 2: 228.##Collard, B. C. Y., Jahufer, M. Z. Z.,Brouwer,J. B. and Pang,E.C.K. 2005. An introduction to markers, quantitative trait loci (QTL) mapping and marker assisted selection for crop improvement: The basic concepts.Euphytica 142: 169-196.##FAO. 2016.http://www.fao.org/fsnforum/cfs-hlpe/nutrition-and-food-systems.##Grishma, S. H., Sasidharan, N.,Chakraborty, S.,Trivedi, R.,Ravikiran, R. and Davla,D. 2012. Genetic diversity and molecular analysis for fertility restorer genes in rice (Oryza sativa L.) for wild abortive (WA) cytoplasm using microsatellite markers. Journal of Agricultural Technology 8 (1): 261-271.##Ivandic, V., Hackett, C.A.,Nevo, E., Keith, R., Thomas,W.T.B. and Forster,B. 2002. Analysis of sequence repeats (SSR) in wild barley from the fertile crescent: Associations with ecology, geography and flowering time. Plant Molcular Biologic 48: 511-527.##Karim, K., Rawda, A.,Hatem, C.M.,Mbarek,B.N. and Mokhtar,T. 2010. Analysis of genetic diversity and relationships in local Tunesian barley by RAPD and SSR analysis. African Journal of Biotechnology 9 (44): 7429-7436.##Keyvankhosro, A. 2010. Grouping of rice cultivars based on microsatellite markers linked to yield and yield components. M. Sc. dissertation, Faculty of Agricultural Sciences, University of Guilan. (In Persian).##Kibria, K., Nur, F.,Begum, S.N.,Islam, M.M.,Paul, S.K.,Rahman,K.S. and Azam,S.M.M. 2009. Molecular marker based genetic diversity analysis in aromatic rice genotypes using SSR and RAPD markers. International Journal of Sustainable Crop Production 4(1): 23-43.##Kumar, R., Kumar, A.,Kumar,S. A. and Radha,J. 2012. Evaluation of genetic diversity in rice using simple sequence repeats (SSR) markers. African Journal of Biotechnology 84: 14956-14995.##Mehri-Badloo, Z. 2015. Identifying suitable parents for production of high yielding rice hybrids using SSR markers. M. Sc. dissertation, Faculty of Agricultural Sciences, University of Guilan. (In Persian).##Mondini, L., Noorani, A. and Mario, A. 2009. Assessing plant genetic diversity by molecular tools. Diversity 1: 19-35.##Murray, M. G. and Thompson,W. F. 1980. Rapid isolation of high molecular weight plant. Nucleic Acids Research 8: 4321-4325.##Naghavi, M. R., Mardi, M.,Ramshini, H. A. and Fazelinasab,B. 2004. Comparative analyses of the genetic diversity among bread wheat genotypes based on RAPD and SSR markers. Iranian Journal of Biotechnology 2: 195-202. (In Persian with English Abstract).##Nei, M. 1972. Genetic distanse between population. American Naturalist 160: 283-292.##Park, G. H., Kim, J. H. and Kim, K. M. 2014. QTL analysis of yield components in rice using a cheongcheong/nagdong doubled haploid genetic map. American Journal of Plant Sciences 5: 1174-1180.##Pervaiz, Z. H., Rabbani, M. A.,Khaliq, I.,Pearce, S. and Malik, S. A. 2010. Genetic diversity associated with agronomic traits using microsatellite markers in Pakistani rice landraces. Electronic Journal of Biotechnology 13 (3): 1-12.##Rabbani, M.A., Masood, M.S.,Shinwari,Z.K. and Shinozaki,K.Y. 2010. Genetic analysis of basmati and non-basmati pakistani rice (Oryza sativa L.) cultivars using microsatellite markers.PakistanJournal of Botany 42 (4): 2551-2564.##Rabiei, B., Valizadeh, M.,Ghareyazie, B.,Moghaddam, M. and Ali, A. J. 2004. Identification of QTLs for rice grain size and shape of Iranian cultivars using SSR markers. Euphytica 137: 325-332.##Sajib, A.M., Musharaf Hossain, M.,Mosnaz, A.T.M.J.,Monirul Islam,M. and Shamsher Ali,M. 2012. SSR marker-based molecular characterization and genetic diversity analysis of aromatic landraces of rice. Journal of Bioscience and Biotechnology (2): 107-116.##Sarayloo, M., Sabouri,H. and Dadras,A.R. 2015. Assessing genetic diversity of rice genotypes using microsatellite markers and their relationship with morphological characteristics of seedling stage under non- and drought-stress conditions. Cereal Research 1-15. (In Persian with English Abstract).##Semagn, K., Bjornstad,A. and Ndjiondjop,M.N. 2006. An overview of molecular marker methods for plants. African Journal of Biotechnology 5 (25): 254-256.##Senior, M. L., Mutphy, J. P.,Goodman, M. M. and Stuber,C. W. 1998. Utility of SSRs for determinig genetic similarities and relationships in maize using an agarose gel system. Crop Science 38:1088-1098.##Sheng-Jun, W., Zuo-Mei L. and Jian-MinW. 2006.Genetic diversity among parents of hybrid rice based oncluster analysis of morphological traits and simple sequence repeat markers. Rice Science 13(3): 155-160.##Singh, S.K., Sharma, S.,Koutu, G.K.,Mishra, D.K.,Singh,P., Prakash, V.,Kumar,V. and Pal,N. 2014. Genetic diversity in NPT lines derived from indica ×japonica sub-species crosses of rice (Oryza sativa L.) using SSR markers. Scholarly Journal of Agricultural Science 4(3): 121-132.##Song, L.Y., Liu, X.,Chen, W.G.,Hao, Z.F.,Bal,L. and Zhang,D.G. 2013.Genetic relationships amongChinese maize OPVs based on SSR markers. Journal of Integrative Agriculture12(7): 1130-1137.##Spada, A., Mantegazza, R.,Biloni,M.,Caporali, E. andSalaF. 2004. Italian rice varieties: Historical data, molecular markers and pedigrees to reveal their genetic relationships. Plant Breeding 123: 105-111.##Syahsar, B., Allahdu, M. and Shahsavand Hassani, H. 2010. Assessment of genetic diversity of tritipyrum, triticale and wheat lines using RAPD and ISJ markers. Iranian Journal of Field Crop Science 41 (3): 555-568. (In Persian with English Abstract).##Tabkhkar, N., Rabiei,B. and Sabouri,A. 2011. Evaluating allele frequency and polymorphism of microsatellite markers linked to gene loci controlling rice grain quality. Iranian Journal of Field Crop Science 42 (3): 495- 507. (In Persian with English Abstract).##Tabkhkar, N., Rabiei,B. and Sabouri,A. 2012. Genetic diversity of rice cultivars by microsatellite markers tightly linked tocooking and eating quality. Australian Journal of Crop Science 6 (6): 980-985.##Valizadeh Soumeh, Z., Samizadeh Lahiji,H. and Rabiei,B. 2014. Assessment of morphologic and genetic diversity of rice varieties using SSR markers associated with drought tolerance characteristics. Cereal Research4 (2): 89-101. (In Persian with English Abstract).##Wang, L. Q., Liu, W. J., Xu, Y., He, Y. Q., Luo, L. J., Xing, Y. Z., Xu, C. G. and Zhang, Q. 2007. Genetic basis of 17 traits and viscosity parameters characterizing the eating and cooking quality of rice grain. Theoretical and Applied Genetics 115: 463-76.##Zuo, J.R. and Li,J.Y. 2014. Molecular dissection of complex agronomic traits of rice: A team effort by Chinese scientists in recent years. National Science Review 1(2): 253-276. | ||
آمار تعداد مشاهده مقاله: 1,519 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 1,031 |