تعداد نشریات | 31 |
تعداد شمارهها | 748 |
تعداد مقالات | 7,112 |
تعداد مشاهده مقاله | 10,246,171 |
تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 6,899,875 |
شناسایی واریانت های ژنتیکی مرتبط با مسیریابی با استفاده از واکاوی داده های ترنسکریپتوم هیپوکامپ در کبوترهای پلاکی و چاهی | ||
تحقیقات تولیدات دامی | ||
دوره 13، شماره 2، شهریور 1403، صفحه 15-24 اصل مقاله (3.88 M) | ||
نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
شناسه دیجیتال (DOI): 10.22124/ar.2024.27467.1832 | ||
نویسندگان | ||
الهام یعقوبی1؛ محمد دادپسند* 2؛ حامد خراتی کوپایی3 | ||
1دانشآموخته کارشناسی ارشد ژنتیک و اصلاح نژاد دام، بخش علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شیراز | ||
2دانشیار، بخش علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شیراز | ||
3دانشآموخته دکتری تخصصی، بخش علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شیراز | ||
چکیده | ||
هدف این پژوهش، شناسایی واریانتهای ژنتیکی مرتبط با مسیریابی در کبوتر بود. دادههای ترنسکریپتوم (هشت نمونه) مربوط به هیپوکمپ کبوترهای چاهی (دارای توان مسیریابی ضعیف) و پلاکی (دارای توان مسیریابی مطلوب) از پایگاه EBI با شماره دسترسی PRJNA532674دانلود شد. کنترل کیفیت دادهها، نقشهگذاری دادهها و شناسایی واریانتهای ژنتیکی متفاوت بین دو گروه چاهی و پلاکی با نرمافزار CLC Genomics workbench (12) انجام شد. حدود دو میلیون واریانت ژنتیکی برای هشت نمونه شناسایی شد، که 2800 واریانت ژنتیکی بین دو گروه متفاوت بود. نقش عملکردی واریانتهای متفاوت، با تجزیه هستیشناسی بهوسیله ابزار VEP در پایگاه Ensembl در سطح معنیداری پنج درصد انجام شد. نتایج تجزیه هستیشناسی نشان داد که واریانتهای متفاوت با ژن LDHA در ارتباط هستند. این ژن با کد کردن آنزیم لاکتات دهیدروژناز A در قدرت پروازی و سوخت و ساز بیهوازی سلولها دارای اهمیت است. پرندگان با نسخه جهشیافته ژن LDHAعملکرد بهتری در مسابقات برای قدرت پرواز و مسیریابی دارند. یکی دیگر از نتایج این پژوهش، مرتبط بودن واریانت های ژنتیکی با ژن DRD4 بود که در کنترل الگوهای رفتاری، حافظه و یادگیری حائز اهمیت است. مسیرهای سوخت و ساز پروتئینها نیز یکی از نتایج مهم این پژوهش بود زیرا پروتئینها دارای نقش اساسی در تمایز سلولهای سیستم عصبی هستند. برای نمونه، پروتئین Ubiquitin با نشاندار کردن سایر پروتئینها بهعنوان پیامرسان برای پروتئازها عمل میکند و عمل هضم پروتئینهای ناکارآمد را در سلول تسهیل میکند. همچنین، این پروتئین دارای نقش تنظیمی برای فعالیت سایر پروتئینها است. | ||
کلیدواژهها | ||
توانایی مسیریابی؛ کبوتر پلاکی؛ کبوتر چاهی؛ هیپوکمپ | ||
مراجع | ||
Akherati, A. (2012). Pigeon flying, hostages and analysis of pigeon fancier relationships. Anthropology Letter, 10(17), 15-42. [In Persian] Biro, D., Meade, J., & Guilford, T. (2004). Familiar route loyalty implies visual pilotage in the homing pigeon. Proceedings of the National Academy of Sciences, 101(50), 17440-17443. doi: 10.1073/pnas.0406984101 Delmore, K. E., & Liedvogel, M. (2016). Investigating factors that generate and maintain variation in migratory orientation: a primer for recent and future work. Frontiers in Behavioral Neuroscience, 10, 3. doi: 10.3389/fnbeh.2016.00003 Dharmasiri, S., Dharmasiri, N., Hellmann, H., & Estelle, M. (2003). The RUB/Nedd8 conjugation pathway is required for early development in Arabidopsis. The EMBO Journal, 22(8), 1762-1770. doi: 10.1093/emboj/cdg190 Doan, R., Cohen, N. D., Sawyer, J., Ghaffari, N., Johnson, D. C., & Dindot, S. V. (2012). Whole-genome sequencing and genetic variant analysis of a Quarter Horse mare. BMC Genomics, 13(87), 1471-2164. doi: 10.1186/1471-2164-13-78 Du, X., Zhi, J., Yang, D., Wang, Q., Luo, X., & Deng, X. (2021). Research progress in the mechanism of calcium ion on contraction and relaxation of airway smooth muscle cells. Journal of Receptors and Signal Transduction, 41(2), 117-122. doi: 10.1080/10799893.2020.1806315 Dybus, A., Pijanka, J., Cheng, Y. H., Sheen, F., Grzesiak, W., & Muszyńska, M. (2006). Polymorphism within the LDHA gene in the homing and non-homing pigeons. Journal of Applied Genetics, 47, 63-66. doi: 10.1007/BF03194601 Gazda, M. A., Andrade, P., Afonso, S., Dilytė, J., Archer, J. P., Lopes, R. J., Faria, R., & Carneiro, M. (2018). Signatures of selection on standing genetic variation underlie athletic and navigational performance in racing pigeons. Molecular Biology and Evolution, 35(5), 1176-1189. doi: 10.1093/molbev/msy030 Groen, B. B., Horstman, A. M., Hamer, H. M., De Haan, M., Van Kranenburg, J., Bierau, J., & Van Loon, L. J. (2015). Post-prandial protein handling: you are what you just ate. PloS One, 10(11), e0141582. doi: 10.1371/journal.pone.0141582 Kolvenbag, G., Scott, M., de Kloet, A., & de Kloet, E. Prospective study relating genotype profiles with race performance in racing pigeons. Journal of Applied Genetics. 2022 Sep;63(3):563-570. doi: 10.1007/s13353-022-00697-w. Epub 2022 May 4. PMID: 35505002; PMCID: PMC9365715. doi: 10.1007/s13353-022-00697-w Liedvogel M., & Mouritsen H. (2010). Cryptochromes—a potential magnetoreceptor: what do we know and what do we want to know? Journal of the Royal Society Interface, 7(2), 147-162. doi: 10.1098/rsif.2009.0411.focus Mergner, J., Kuster, B., & Schwechheimer, C. (2017). DENEDDYLASE1 protein counters automodification of neddylating enzymes to maintain NEDD8 protein homeostasis in Arabidopsis. Journal of Biological Chemistry, 292(9), 3854-3865. doi: 10.1074/jbc.M116.767103 Mohammadi, H., Khaltabadi Farahani, A. H., & Moradi, M. H. (2023). Genome-wide association study based on gene-set enrichment analysis of economically important traits in Japanese quail. Animal Production Research, 12(1), 65-76. doi: 10.22124/AR.2023.20946.1657 [In Persian] Mukhopadhyay, D., & Riezman, H. (2007). Proteasome-independent functions of ubiquitin in endocytosis and signaling. Science, 315(5809), 201-205.doi: 10.1126/science.1127085 Proskura, W. S., Kustosz, J., Dybus, A., & Lanckriet, R. (2015). Polymorphism in dopamine receptor D4 gene is associated with pigeon racing performance. Animal Genetics, 46(5), 586-587. doi: 10.1111/age.12328 Pulido, F., & Berthold, P. (2003). Quantitative genetic analysis of migratory behaviour. In Avian migration (pp. 53-77). Berlin, Heidelberg: Springer Berlin Heidelberg. doi: 10.1007/978-3-662-05957-9_4 Rall, J. A. (2022). Discovery of the regulatory role of calcium ion in muscle contraction and relaxation: Setsuro Ebashi and the international emergence of Japanese muscle research. Advances in Physiology Education, 46(3), 481-490. doi: 10.1152/advan.00108.2022 Ritz, T., Adem, S., & Schulten, K. (2000). A model for photoreceptor-based magnetoreception in birds. Biophysical Journal, 78(2), 707-718. doi: 10.1016/S0006-3495(00)76629-X Ramadan, S., Miyake, T., Yamaura, J., & Inoue-Murayama, M. (2018). LDHA gene is associated with pigeon survivability during racing competitions. PLoS One, 13(5), e0195121. doi: 10.1371/journal.pone.0195121 Shao, Y., Tian, H. Y., Zhang, J. J., Kharrati-Koopaee, H., Guo, X., Zhuang, X. L., Li, M. L., Nanaie, H. A., Dehghani Tafti, E., Shojaei, B., & Reza Namavar, M. (2020). Genomic and phenotypic analyses reveal mechanisms underlying homing ability in pigeon. Molecular Biology & Evolution, 37(1), 134-148. doi: 10.1093/molbev/msz208 Shapiro, M. D., Kronenberg, Z, Li, C., Domyan, E. T., Pan, H., Campbell, M., Tan, H., Huff, C. D., Hu, H., Vickrey, A. I., & Nielsen, S. C. (2013). Genomic diversity and evolution of the head crest in the rock pigeon. Science, 339(6123), 1063-1067. doi: 10.1126/science.1230422 Shcherbakov, V. P., & Winklhofer, M. (1999). The osmotic magnetometer: a new model for magnetite-based magnetoreceptors in animals. European Biophysics Journal, 28(5), 380-392. doi: 10.1007/s002490050222 Xirodimas, D. P. (2008). Novel substrates and functions for the ubiquitin-like molecule NEDD8. Biochemical Society Transactions, 36(5), 802-806. doi: 10.1042/BST0360802 | ||
آمار تعداد مشاهده مقاله: 184 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 108 |