تعداد نشریات | 31 |
تعداد شمارهها | 741 |
تعداد مقالات | 7,018 |
تعداد مشاهده مقاله | 10,037,496 |
تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 6,759,563 |
مطالعه شباهتهای ژنتیکی و روابط تبارشناختی 10 گونه میگوی خانواده Penaeidae بر اساس توالیهای ژنوم میتوکندریایی | ||
فیزیولوژی و بیوتکنولوژی آبزیان | ||
دوره 11، شماره 4، اسفند 1402، صفحه 49-81 اصل مقاله (3.09 M) | ||
نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
شناسه دیجیتال (DOI): 10.22124/japb.2023.24411.1494 | ||
نویسندگان | ||
رضا پسندیده1؛ رامین عبدلی* 2 | ||
1استادیار بخش بهداشت و بیماریهای آبزیان، پژوهشکده میگوی کشور، موسسه تحقیقات علوم شیلاتی کشور، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی (AREEO)، بوشهر، ایران | ||
2استادیار مرکز تحقیقات ابریشم کشور، سازمان تحقیقات آموزش و ترویج کشاورزی (AREEO)، رشت، ایران | ||
چکیده | ||
میگوهای خانواده Penaeidae مهمترین آبزیان پرورشی از گروه سختپوستان هستند که جایگاه اقتصادی مهمی در صنعت آبزیپروری جهان کسب کردهاند. در این مطالعه، توالیهای کامل ژنوم میتوکندریایی 10 گونه مهم میگوی خانواده Penaeidae همراه با توالیهای نوکلئوتیدی و آمینواسیدی 13 ژن رمزگر پروتئین به ازای هر ژنوم از بانک اطلاعاتی NCBI استخراج و با یکدیگر مقایسه شدند. بر اساس ژنوم کامل میتوکندریایی، بیشترین شباهت ژنتیکی (5/88 درصد) بین گونه میگوی سفید هندی و گونه میگوی موزی و کمترین شباهت (4/76 درصد) بین گونه میگوی پشت چرب با گونه میگوی ببری سیاه وجود داشت. در بررسی تبارشناختی ژنوم کامل میتوکندریایی، دو خوشه اصلی در ابتدای درخت تبارنما ایجاد شد. گونههای میگوی پشت چرب و سفید سرتیز در یک خوشه اصلی و گونههای دیگر در خوشه اصلی دیگر قرار گرفتند. نتایج تبارشناختی توالیهای نوکلئوتیدی و آمینواسیدی 13 ژن نشان داد که گونههای میگوی پشت چرب با سفید سرتیز، میگوی آبی با سفید غربی و میگوی موزی با سفید هندی در زیرخوشههای متمایز قرار گرفتند که تاییدی بر نتایج به دست آمده از مقایسه ژنوم کامل میتوکندریایی است. بر اساس نتایج، توالیهای ژنوم میتوکندریایی میتوانند برای طیف گستردهای از تجزیه و تحلیلهای دقیق تبارشناختی و ژنتیکی گونههای متفاوت میگو مورد استفاده قرار گیرند. | ||
کلیدواژهها | ||
پنائیده؛ درخت تبارشناختی؛ ژنهای رمزگر پروتئینها؛ ژنوم میتوکندریایی | ||
موضوعات | ||
فیزیولوژی و بیوتکنولوژی آبزیان | ||
مراجع | ||
Abdoli R., Mazumder T.H., Nematollahian S., Sourati Zanjani R., Abdolahi Mesbah R. and Uddin A. 2022. Gaining insights into the compositional constraints and molecular phylogeny of five silkworms mitochondrial genome. International Journal of Biological Macromolecules, 206: 543–552. doi: 10.1016/j.ijbiomac.2022.02.135 Alfaro-Montoya J., Braga A. and Umana-Castro R. 2019. Research frontiers in penaeid shrimp reproduction: Future trends to improve commercial production. Aquaculture, 503: 70–87. doi: 10.1016/j.aquaculture.2018.12.068 Amelia F., Yustiati A. and Andriani Y. 2021. Review of shrimp (Litopenaeus vannamei (Boone, 1931)) farming in Indonesia: Management operating and development. World Scientific News, 158: 145–158. Arulmoorthy M.P., Anandajothi E., Vasudevan S. and Suresh E. 2020. Major viral diseases in culturable penaeid shrimps: A review. Aquaculture International, 28: 1939–1967. doi: 10.1007/s104 99-020-00568-3 Atashbar B., Agh N., Manaffar R., Stappen G.V., Mohamadyari A., Mertens J. and Beladjal L. 2016. Morphometric and preliminary genetic characteristics of Branchinecta orientalis populations from Iran (Crustacea: Anostraca). Zootaxa, 4109(1): 31–45. doi: 10.11646/zootaxa.4109.1.3 Atashbar B.A. and Roohi M. 2021. First record of Branchipodopsis affinis Sars, 1901 (Crustacea: Anostraca) in Iran (Bazargan, West Azerbaijan), ecology, morphology and genetics. Zootaxa, 4908(4): 558–570. doi: 10.11646/zootaxa.49 08.4.8 Baldwin J.D., Bass A.L., Bowen B.W. and Clark Jr W.H. 1998. Molecular phylogeny and biogeography of the marine shrimp Penaeus. Molecular Phylogenetics and Evolution, 10(3): 399–407. doi: 10.1006/mpev.1998.0537 Burland T.G. 1999. DNASTAR's Lasergene sequence analysis software. Methods in Molecular Biology, 132: 71–91. doi: 10.1385/ 1-59259-192-2:71 Bush S.R., Van Zwieten P.A., Visser L., Van Dijk H., Bosma R., De Boer W.F. and Verdegem M. 2010. Scenarios for resilient shrimp aquaculture in tropical coastal areas. Ecology and Society, 15(2): 1–18. doi: 10.5751/ES-03331-150215 Cheng J., Chan T.Y., Zhang N., Sun S. and Sha Z.L. 2018. Mitochondrial phylogenomics reveals insights into taxonomy and evolution of Penaeoidea (Crustacea: Decapoda). Zoologica Scripta, 47(5): 1–13. doi: 10.1111/ zsc.12298 Chial H. and Craig J. 2008. mtDNA and Mitochondrial Diseases. Nature Education, 1(1): 217. Coltman D.W. 2008. Molecular ecological approaches to studying the evolutionary impact of selective harvesting in wildlife. Molecular Ecology, 17(1): 221–235. doi: 10.1111/j.1365-294X.2007. 03414.x Grabowski M. 1999. Structure and intraspecific variability of the control region mtDNA in the pink shrimp, Farfantepenaeus duorarum (Decapoda, Penaeidae). Crustaceans and the Biodiversity Crisis, 12(5): 333–344. doi: 10.1163/9789004630543_027 Guo Y., Liu H., Feng J., Li J., Ye Y., Guo B. and Qu C. 2021. Characterization of the complete mitochondrial genomes of two species of Penaeidae (Decapoda: Dendrobranchiata) and the phylogenetic implications for Penaeoidea. Genomics, 113(1): 1054–1063. doi: 10.1016/j.ygeno. 2020.11.001 Hurzaid A., Chan T.Y., Nor S.A.M., Muchlisin Z.A. and Chen W.J. 2020. Molecular phylogeny and diversity of penaeid shrimps (Crustacea: Decapoda) from south-east Asian waters. Zoologica Scripta, 49(5): 1–18. doi: 10.1111/ zsc.12428 Iranian Fisheries Organization. 2019. Statistical Yearbook of Iranian Fisheries Organization (In Persian). Deputy Planning and Resource Management, Iranian Fisheries Organization, Iran. 33P. Katneni V.K., Shekhar M.S., Jangam A.K., Paran B.C., Selvaraj A., Krishnan K. and Koyadan V.K. 2021. Phylogenetic relations and mitogenome‐wide similarity metrics reveal mono-phyly of Penaeus sensu lato. Ecology and Evolution, 11(5): 2040–2049. doi: 10.1002/ece3.7148 Kitaura J., Wada K. and Nishida M. 1998. Molecular phylogeny and evolution of unique mud-using territorial behavior in ocypodid crabs (Crustacea: Brachyura: Ocypodidae). Molecular Biology and Evolution, 15(6): 626–637. doi: 10.1093/oxfordjournals.molbev.a025966 Lavery S., Chan T.Y., Tam Y.K. and Chu K.H. 2004. Phylogenetic relationships and evolutionary history of the shrimp genus Penaeus sp. derived from mitochondrial DNA. Molecular Phylogenetics and Evolution, 31(1): 39–49. doi: 10.1016/j.ympev. 2003.07.015 Ma H., Ma C., Li C., Lu J., Zou X., Gong Y., Wang W., Chen W., Ma L. and Xia L. 2015. First mitochondrial genome for the red crab (Charybdis feriata) with implication of phylogenomics and population genetics. Scientific Reports, 5(1): 1–14. doi: 10.1038/ srep11524 Maggioni R., Rogers A.D., Maclean N. and D'Incao F. 2001. Molecular phylogeny of western Atlantic Farfantepenaeus and Litopenaeus shrimp based on mitochondrial 16S partial sequences. Molecular Phylogenetics and Evolution, 18(1): 66–73. doi: 10.1006/mpev. 2000.0866 Nasvall S.J., Chen P. and Bjork G.R. 2007. The wobble hypothesis revisited: Uridine-5-oxyacetic acid is critical for reading of G-ending codons. RNA, 13(12): 2151–2164. doi: 10.1261/rna.731007 Niamaimandi N., Noorinejad M. and Matinfar A. 2009. Biology of Shrimp (In Persian). Publications of Institute of Applied Scientific Higher Education of Jahad Agriculture, Iran. 168P. Palumbi S.R. and Benzie J. 1991. Large mitochondrial DNA differences between morpho-logically similar penaeid shrimp. Molecular Marine Biology and Biotechnology, 1(1): 27–34. Quan J., Zhuang Z., Deng J., Dai J. and Zhang Y.P. 2004. Phylogenetic relationships of 12 Penaeoidea shrimp species deduced from mitochondrial DNA sequences. Biochemical Genetics, 42: 331–345. doi: 10.1023/B:BIGI. 0000039808.12069.ed Rabiei F., Abdoli R., Rafeie F. and Ghavi Hossein-Zadeh N. 2022. Genetic similarities and phylo-genetic analysis of wild and domesticated species of sheep based on mitochondrial genome. Animal Production Research, 11(3): 1–13. doi: 10.22124/ar.2022. 22429.1709 Rajakumarana P., Vaseeharana B., Jayakumarb R. and Chidambara R. 2014. Conformation of phylogenetic relationship of Penaeidae shrimp based on morphometric and molecular investigations. Cytology and Genetics, 48: 357–363. doi: 10.3103/S0095452714060103 Robalino J., Wilkins B., Bracken-Grissom H.D., Chan T.Y. and O’Leary M.A. 2016. The origin of large-bodied shrimp that dominate modern global aquaculture. PLoS One, 11(7): 1–24. doi: 10.1371/ journal.pone.0158840 Schubart C.D., Cuesta J.A., Diesel R. and Felder D.L. 2000. Molecular phylogeny, taxonomy, and evolution of nonmarine lineages within the American grapsoid crabs (Crustacea: Brachyura). Molecular Phylogenetics and Evolution, 15(2): 179–190. doi: 10.1006/mpev. 1999.0754 Soares P.E.T., Dantas M.D.A., Silva-Portela R.D.C.B., Agnez-Lima L.F. and Lanza D.C.F. 2021. Characterization of Penaeus vannamei mitogenome focusing on genetic diversity. PLoS One, 16(7): 1–15. doi: 10.1371/journal.pone.0255 291 Stillman J.H. and Reeb C.A. 2001. Molecular phylogeny of eastern Pacific porcelain crabs, genera Petrolisthes and Pachycheles, based on the mtDNA 16S rDNA sequence: Phylogeographic and systematic implications. Molecular Phylogenetics and Evolution, 19(2): 236–245. doi: 10.1006/mpev. 2001.0924 Tamura K., Stecher G. and Kumar S. 2021. MEGA11: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 11. Molecular Biology and Evolution, 38(7): 3022–3027. doi: 10.1093/molbev/msab120 Tazikeh E. 2010. Management of Shrimp Farming in Farms (In Persian). Nowruz Press, Iran. 182P. Zhu P., Luo P., Wang P., Xu Y., Zhang H., Wu H. and Liu L. 2019. The complete mitochondrial genome of Trachypenaeus curvirostris (Stimpson, 1860). Mitochondrial DNA, 4(2): 2834–2835. doi: 10.1080/23802359.2019. 1660279 | ||
آمار تعداد مشاهده مقاله: 256 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 111 |