تعداد نشریات | 31 |
تعداد شمارهها | 741 |
تعداد مقالات | 7,030 |
تعداد مشاهده مقاله | 10,094,882 |
تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 6,777,014 |
ردیابی نشانه های انتخاب مثبت مرتبط با صفات مهم اقتصادی در نژادهای گوسفند ایرانی (زندی) و مصری (بارکی و راهمنی) با استفاده از روش hapFLK | ||
تحقیقات تولیدات دامی | ||
دوره 12، شماره 3، آذر 1402، صفحه 85-96 اصل مقاله (1.12 M) | ||
نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
شناسه دیجیتال (DOI): 10.22124/ar.2024.24119.1759 | ||
نویسندگان | ||
حسین محمّدی* 1؛ حسین مرادی شهربابک2؛ امیر حسین خلت آبادی فراهانی3 | ||
1استادیار، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و محیط زیست، دانشگاه اراک | ||
2استادیار، گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران | ||
3دانشیار، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و محیط زیست، دانشگاه اراک | ||
چکیده | ||
انتخاب طبیعی و مصنوعی در جهت افزایش فراوانی جهشهای جدیدی که در برخی از جمعیتها مفید هستند باعث بر جای گذاشتن نشانههایی در سطح ژنوم میشود. هدف از پژوهش حاضر، شناسایی نشانههای انتخاب بین نژادهای گوسفند بومی ایران با نژادهای مصری بود. بدین منظور از اطلاعات 96 رأس گوسفند زندی و 107 رأس گوسفند مصری (59 رأس بارکی و 48 رأس راهمنی) استفاده شد. پس از اجرای مراحل مختلف کنترل کیفیت دادهها، برای شناسایی نشانههای انتخاب از روش آماری hapFLK به وسیله نرمافزارhapFLK نسخه 4/1 استفاده شد. ژنهای کاندیدا با استفاده از چندشکلیهای تک نوکئوتیدی (SNP) که در بازه 1/0 درصد بالای ارزش hapFLK، واقع شده بودند با استفاده از برنامه BioMart شناسایی شدند. سپس عملکرد زیستی ژنها با استفاده از پایگاه اطلاعاتی PANTHER بررسی شده و برای تفسیر عملکرد ژنهای کاندیدا از پایگاههای برخط GeneCards و UniProtKB استفاده شد. نتایج حاصل از hapFLK نشان داد که در مقایسه جمعیت گوسفند بومی زندی با نژادهای مصر،ی هفت ناحیه ژنومی روی کروموزومهای یک، دو (سه منطقه)، 10، 25 و 26 شناسایی شدند. بررسی ژنهای گزارش شده در این مناطق نشان داد که در داخل یا مجاورت این نواحی، ژنهای DNAJB4، FNDC3B، GULP1، ACVR1 و FGF9 قرار داشتند. ژنهای موجود در این مناطق با سیستم ایمنی، سازگاری، تعداد بره متولد شده و رشد عضلات مرتبط هستند. نتایج این تحقیق میتواند منبع اطلاعاتی ارزشمندی در زمینه شناسایی مناطق ژنومی مرتبط با صفات در نژادهای مختلف گوسفند فراهم آورد. به هر حال، جهت شناسایی دقیق این ژنها و جایگاههای کنترل کننده صفات کمّی یا QTLها لازم است مطالعات پیوستگی و عملکردی بیشتری انجام شود. | ||
کلیدواژهها | ||
انتخاب؛ پویش ژنومی؛ تعداد نتاج متولد شده؛ سازگاری؛ گوسفند | ||
مراجع | ||
Asadollahpour Nanaei, H., Kharrati-Koopaee, H., & Esmailizadeh A. (2022). Genetic diversity and signatures of selection for heat tolerance and immune response in Iranian native chickens. BMC Genomics, 23(1): 224. doi: 10.1186/s12864-022-08434-7 Azizpour, N., Khaltabadi Farahani, A. H., Moradi, M., & Mohammadi, H. (2020). Genome-wide association study based on gene-set enrichment analysis associated with milk yield in Holstein cattle. Journal of Animal Science Research, 30(1), 79-92. doi: 10.22034/AS.2021.46637.1621 [In Persian] Bonhomme, M., Chevalet, C., Servin, B., Boitard, S., Abdallah, J., Blott, S., & SanCristobal M. (2010). Detecting selection in population trees: the Lewontin and Krakauer test extended. Genetics, 186(1), 241-262. doi: 10.1534/genetics.104.117275 Chang, C. C., Chow, C. C., Tellier, L. C., Vattikuti, S., Purcell, S. M., & Lee, J. J. (2015). Second-Generation PLINK: Rising to the challenge of larger and richer datasets. Gigascience, 4, 7. doi: 10.1186/s13742-015-0047-8 Chen, Q., Wang, Z., Sun, J., Huang, Y., Hanif, Q., Liao, Y., & Lei, C. (2020). Identification of genomic characteristics and selective signals in a Du'an goat flock. Animals (Basel), 10(6), 994. doi: 10.3390/ani10060994 El-Halawany, N., Zhou, X., Al-Tohamy, A. F., El-Sayd, Y. A., Shawky, A. E., Michal, J. J., & Jiang, Z. (2016). Genome-wide screening of candidate genes for improving fertility in Egyptian native Rahmani sheep. Animal Genetics, 47(4), 513. doi: 10.1111/age.12437 Fariello, M. I., Boitard, S., Naya, H., SanCristobal, M., & Servin, B. (2013). Detecting signatures of selection through haplotype differentiation among hierarchically structured populations. Genetics, 193(3), 929-941. doi: 10.1534/genetics.112.147231. Giacopelli, F., Cappato, S., Tonachini, L., Mura, M., Di Lascio, S., Fornasari, D., Ravazzolo, R., & Bocciardi, R. (2013). Identification and characterization of regulatory elements in the promoter of ACVR1, the gene mutated in Fibrodysplasia Ossificans Progressiva. Orphanet Journal of Rare Diseases, 8, 145. doi: 10.1186/1750-1172-8-145 Gutiérrez-Gil, B., Pérez, J., Alvarez, L., Martínez-Valladares, M., de la Fuente, L. F., Bayón, Y., Meana, A., San Primitivo, F., Rojo-Vázquez, F. A., & Arranz, J. J. (2009). Quantitative trait loci for resistance to trichostrongylid infection in Spanish Churra sheep. Genetics Selection Evolution, 41(1), 46. doi: 10.1186/1297-9686-41-46 Han, B., Wang, H., Zhang, J., & Tian, J. (2020). FNDC3B is associated with ER stress and poor prognosis in cervical cancer. Oncology Letters, 19(1), 406-414. doi: 10.3892/ol.2019.11098 Isabelle, C. M., & Picard, B. (2016). Expression marker-based strategy to improve beef quality. The Scientific World Journal, 3, 1-11. doi: 10.1155/2016/2185323 Khalifa, E. I., Ahmed, M. E., Hafez, Y. H., El-Zolaky, O. A., Bahera, K. M., & Abido, A. A. (2013). Age at puberty and fertility of Rahmani sheep fed on biological inoculated corn silage. Annals of Agricultural Sciences, 58(2), 163-172. doi.org/10.1016/j.aoas.2013.07.003 Khaltabadi Farahani, A. H., Mohammadi, H., & Moradi, H. (2020). Gene set enrichment analysis using genome-wide association study to identify genes and pathways associated with litter size in various sheep breeds. Animal Production, 22(3), 325-335. doi:10.22059/jap.2020.292715.623468 [In Persian] Kijas, J. W., Lenstra, J. A., Hayes, B., Boitard, S., Porto Neto, L. R., San Cristobal, M., Servin, B., McCulloch, R., Whan, V., McEwan, J., & Dalrymple, B. (2012). International Sheep Genomics Consortium Members. Genome-wide analysis of the world's sheep breeds reveals high levels of historic mixture and strong recent selection. PLoS Biology, 10(2), e1001258. doi: 10.1371/journal.pbio.1001258 Leroy, G., Baumung, R., Boettcher, P., Besbes, B., From, T., & Hoffmann, I. (2018). Animal genetic resources diversity and ecosystem services. Global Food Security, 17, 84-91. doi: 10.1002/ecy.3745 McBride, D., Carré, W., Sontakke, S. D., Hogg, C. O., & Law, A. (2012). Identification of miRNAs associated with the follicular-luteal transition in the ruminant ovary. Reproduction, 144, 221-233. doi: 10.1530/REP-12-0025 Mohammadi, H., Khaltabadi Farahani, H. K., Moradi, M. H., Mastrangelo, S., Di Gerlando, R., Sardina, M. T., Scatassa, M. L., Portolano, B., & Tolone, M. (2022). Weighted single-step genome-wide association study uncovers known and novel candidate genomic regions for milk production traits and somatic cell score in Valle del Belice dairy sheep. Animals (Basel), 12(9), 1155. doi: 10.3390/ani12091155 Patiabadi, Z., Razmkabir, M., Esmailizadeh Koshkoiyeh, A., Moradi, M. H., & Rashidi, A. (2023). Genomic scanning of selection signature in Iranian skin and wool sheep using FST unbiased estimator and hapFLK methods. Animal Production Research, 12(2), 85-103. doi: 10.22124/ar.2023.22903.1721 [In Persian] Rostamzadeh Mahdabi, E., Esmailizadeh, A., Ayatollahi Mehrgardi, A., & Asadi Fozi, M. (2021). A genome-wide scan to identify signatures of selection in two Iranian indigenous chicken ecotypes. Genetics Selection Evolution, 53(1), 72. doi: 10.1186/s12711-021-00664-9 Sabeti, P. C., Schaffner, S. F., Fry, B., Lohmueller, J., Varilly, P., Shamovsky, O., & Lander, E. (2006). Positive natural selection in the human lineage. Science, 312(5780), 1614-1620. doi: 10.1126/science.1124309 Saravanan, K. A., Panigrahi, M., Kumar, H., Parida, S., Bhushan, B., Gaur, G. K., Dutt, T., Mishra, B. P., & Singh, R. K. (2021). Genomic scans for selection signatures revealed candidate genes for adaptation and production traits in a variety of cattle breeds. Genomics, 113(3), 955-963. doi: 10.1016/j.ygeno.2021.02.009 Shimizu, T., Jayawardana, B. C., Nishimoto, H., Kaneko, E., Tetsuka, M., & Miyamoto, A. (2006). Involvement of the bone morphogenetic protein/receptor system during follicle development in the bovine ovary: hormonal regulation of the expression of bone morphogenetic protein 7 (BMP-7) and its receptors (ACTRI and ALK-2). Molecular and Cellular Endocrinology, 249, 78-83. doi: 10.1016/j.mce.2006.01.015 Tenghe, A. M. M., Bouwman, A. C., Berglund, B., Strandberg, E., de Koning, D. J., & Veerkamp, R. F. (2016). Genome wide association study for endocrine fertility traits using single nucleotide polymorphism arrays and sequence variants in dairy cattle. Journal of Dairy Science, 99(7), 5470-5485. doi: 10.3168/jds.2015-10533 Wang, X., Liu, J., Zhou, G., Guo, J., Yan, H., Niu, Y., Li, Y., Yuan, C., Geng, R., Lan, X., An, X., Tian, X., Zhou, H., Song, J., Jiang, Y., & Chen, Y. (2016). Whole-genome sequencing of eight goat populations for the detection of selection signatures underlying production and adaptive traits. Scientific Reports, 6, 38932. doi: 10.1038/srep38932 Waineina, R. W., Okeno, T. O., Ilatsia, E. D., & Ngeno, K. (2022). Selection signature analyses revealed genes associated with adaptation, production, and reproduction in selected goat breeds in Kenya. Frontiers in Genetics, 13, 858923. doi: 10.3389/fgene.2022.858923 Wang, P., Li, X., Zhu, Y., Wei, J., Zhang, C., Kong, Q., Nie, X., Zhang, Q., & Wang, Z. (2022). Genome-wide association analysis of milk production, somatic cell score, and body conformation traits in Holstein cows. Frontiers in Veterinary Science, 9, 932034. doi: 10.3389/fvets.2022.932034 Yurchenko, A. A., Daetwyler, H. D., Yudin, N., Schnabel, R. D., Vander Jagt, C. J., Soloshenko, V., Lhasaranov, B., Popov, R., Taylor, J. F., & Larkin, D. M. (2018). Scans for signatures of selection in Russian cattle breed genomes reveal new candidate genes for environmental adaptation and acclimation. Scientific Reports, 8(1), 12984. doi: 10.1038/s41598-018-31304-w Zhang, Y. E. (2017). Non-Smad signaling pathways of the TGF- family. Cold Spring Harbor Perspectives in Biology, 9, 56-71. doi: 10.1101/cshperspect.a02212 Zhang, Z., Sui, Z., Zhang, J., Li, Q., Zhang, Y., Wang, C., Li, X., & Xing, F. (2022). Identification of signatures of selection for litter size and pubertal initiation in two sheep populations. Animals (Basel), 12(19), 2520. doi: 10.3390/ani12192520 Zhao, F., Deng, T., Shi, L., Wang, W., Zhang, Q., Du, L., & Wang, L. (2020). Genomic scan for selection signature reveals fat deposition in Chinese indigenous sheep with extreme tail types. Animals (Basel), 10(5), 773. doi: 10.3390/ani10050773 | ||
آمار تعداد مشاهده مقاله: 193 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 192 |