تعداد نشریات | 31 |
تعداد شمارهها | 743 |
تعداد مقالات | 7,045 |
تعداد مشاهده مقاله | 10,198,935 |
تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 6,839,545 |
شناسایی نشانه های انتخاب مرتبط با آترزی دستگاه گوارش در گوساله های هلشتاین | ||
تحقیقات تولیدات دامی | ||
دوره 12، شماره 2، شهریور 1402، صفحه 57-69 اصل مقاله (1.38 M) | ||
نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
شناسه دیجیتال (DOI): 10.22124/ar.2023.23703.1748 | ||
نویسندگان | ||
حسین محمدی* 1؛ محمد شمس اللهی2 | ||
1استادیار، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه اراک | ||
2استادیار، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه ایلام | ||
چکیده | ||
ضایعات انسدادی دستگاه گوارش از مهمترین مشکلات مادرزادی هستند که نتیجه آن، مرگ و میر گوسالهها در مدت کوتاهی بعد از تولد است. ژژنوم شایعترین مکان بعد از مری برای انسداد کامل یا آترزی است که فقدان مادرزادی یا انسداد کامل قسمتی از حفره روده است. شناخت زودرس آترزی برای پیشگیری از عوارض بعدی آن ضروری است. هدف پژوهش حاضر، شناسایی نشانههای انتخاب با استفاده از آماره نااریب تتا مرتبط با آترزی دستگاه گوارش در گوسالههای شیری هلشتاین است. به این منظور، مجموع 466 حیوان برای 777962 جایگاه نشانگری چندشکلی تک نوکلئوتیدی (SNP) با استفاده از تراشههای Illumina 777K BovineHD تعیین ژنوتیپ شدند. پس از کنترل کیفیت دادههای اولیه در نهایت، 704242 نشانگر SNP و 466 رأس دام (375 رأس شاهد و 91 رأس موردی) وارد تجزیههای بعدی شدند. با در نظر گرفتن صدک 9/99 کل ارزشهای تتا، هشت ناحیه ژنومی روی کروموزومهای 7، 12، 13، 21، 22، 23 (دو نقطه) و 29 شناسایی شدند. بررسی ژنهای گزارش شده در این مناطق نشان داد که در داخل یا مجاورت این نواحی، ژنهای CSF2، SIAH3، TMEM14A و SKIV2L قرار داشتند، که با رشد و توسعه جنین، طول روده کوچک، مرگ سلولی و انواع سرطان مرتبط هستند. همچنین بررسی بیوانفورماتیکی این مناطق نشان داد ژنهای موجود در این مناطق با جایگاههای ژنی کنترلکننده صفات کمّی مرتبط با حساسیت به بیماری و مسیرهای هستیشناسی مرتبط با تنظیم تفرق و تمایز سلولی، فعالیت پروتئینهای کینازی و فعالیت سوخت و ساز سلولی هستند. نتایج این تحقیق میتواند منبع اطلاعاتی ارزشمندی در زمینه شناسایی مناطق ژنومی و در نتیجه ژنهای مرتبط با آترزی در گاوهای هلشتاین فراهم آورد. | ||
کلیدواژهها | ||
پویش ژنومی؛ تفرق و تمایز سلولی؛ چندشکلی تک نوکلئوتیدی؛ ژن کاندیدا؛ نقص مادرزادی | ||
مراجع | ||
Abbasi Moshaii, B. (2018). Genomic scan for selection signatures and identification of some candidate regions associated with mastitis in German Holstein cattle. Ph.D. Thesis, Sari Agricultural Sciences and Natural Resources University, Iran. [In Persian] Akey, J. M., Zhang, G., Zhang, K., Jin, L., & Shriver, M. D. (2002). Interrogating a high-density SNP map for signatures of natural selection. Genome Research, 12(12), 1805-1814. doi: 10.1101/gr.631202 Azizi, S., Mohammadi, R., & Mohammadpour, I. (2010). Surgical repair and management of congenital intestinal atresia in 68 calves. Veterinary Surgery, 39, 115-120. doi: 10.1111/j.1532-950X.2009.00611.x Azizpour, N., Khaltabadi Farahani, A. H., Moradi, M. H., & Mohammadi, H. (2020). Genome-wide association study based on gene-set enrichment analysis associated with milk yield in Holstein cattle. Journal of Animal Science Research, 30(1), 79-92. doi: 10.22034/AS.2020.11009 [In Persian] Bagheri, M., Mirai-Ashtiani, R., Moradi-Shahrbabak, M., Nejati-Javaremi, A., Pakdel, A., Von Borstel, U. U., Pimentel, E. C. G., & König, S. 2013. Selective genotyping and logistic regression analyses to identify favorable SNP-genotypes for clinical mastitis and production traits in Holstein dairy cattle. Livestock Science, 151, 140-151. doi: 10.1016/j.livsci.2012.11.018 Canive, M., González-Recio, O., Fernández, A., Vázquez, P., Badia-Bringué, G., & Lavín, J. L. (2021). Identification of loci associated with susceptibility to Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis infection in Holstein cattle using combinations of diagnostic tests and imputed whole-genome sequence data. PLoS One, 16(8), e0256091. doi: 10.1371/journal.pone.0256091 Carthy, T. R., Keane, O. M., Hanrahan, J. P., Matthews, D., McEwan, J., Rowe, S., & Mee, J. (2022). Investigation of Intestinal Atresia in a Jersey Sire Family. In: Proceeding of 12th World Congress on Genetics Applied to Livestock Production 3-8 July. Netherlands, Pp. 11-14. Huang, D. W., Sherman, B. T., & Lempicki, R. A. (2009). Systematic and integrative analysis of large gene lists using DAVID Bioinformatics Resources. Nature Protocols, 4(1), 44-57. doi: 10.1038/nprot.2008.211 Javan Nikkhah, M. (2019). Identification of selective signatures associated with resistance to bovine leukosis (BLV) in Iranian Holstein cows. Ph.D. Thesis, University of Tehran, Iran. [In Persian] Jin, Q., Wang, C., Li, X., Yu, M., Zhao, S. H., & Li, X. (2013). Molecular characterization and genome-wide mutations in porcine anal atresia candidate gene GLI2. Mammalian Genome, 24, 500-507. doi: 10.1007/s00335-013-9485-8 Jahuey‐Martínez, F. J., Parra‐Bracamonte, G. M., Sifuentes‐Rincón, A. M., & Moreno‐Medina, V. R. (2019). Signatures of selection in Charolais beef cattle identified by genome‐wide analysis. Journal of Animal Breeding and Genetics, 136(5), 378-389. doi: 10.1111/jbg.12399 Keane, O. M., Carthy, T. R., Hanrahan, J. P., Matthews, D., McEwan, J. C., & Rowe, S. J. (2023). Risk factors for, and genetic association with, intestinal atresia in dairy calves. Animal Genetics, 4, 104-112. doi: 10.1111/age.13291 Kim, H., Song, K. D., Kim, H. J., Park, W., Kim, J., & Lee, T. (2015). Exploring the genetic signature of body size in Yucatan Miniature pig. PLoS One, 10(4), e0121732. doi: 10.1371/journal.pone.0121732 Lejeune, B., Miclard, J., Stoffel, M. H., & Meylan, M. (2011). Intestinal atresia and ectopia in a bovine fetus. Veterinary Pathology, 48, 830-833. doi: 10.1177/0300985810383872 Li, S., Wang, X., Qu, L., Dou, T., & Wang, K. (2018). Genome-wide association studies for small intestine length in an F2 population of chickens. Italian Journal of Animal Science, 17(2), 294-300. doi: 10.1080/1828051X.2017.1368419 Lin, S., Wan, Z., Zhang, J., Xu, L., Han, B., & Sun, D. (2020). Genome-wide association studies for the concentration of albumin in colostrum and serum in Chinese Holstein. Animals, 10(12), 2211. doi: 10.3390/ani10122211 Loureiro, B., Block, J., Favoreto, M. G., Carambula, S., Pennington, K. A., Ealy, A. D., & Hansen, P. J. (2011a). Consequences of conceptus exposure to colony-stimulating factor 2 on survival, elongation, interferon-τ secretion, and gene expression. Reproduction, 41(5), 617-624. doi: 10.1530/REP-10-0511 Loureiro, B., Oliveira, L. J., Favoreto, M. G., & Hansen, P. J. (2011b). Colony-stimulating factor 2 inhibits induction of apoptosis in the bovine preimplantation embryo. American Journal of Reproduction Immunology, 65, 578-588. doi: 10.1111/j.1600-0897.2010.00953.x Mokhber, M., Moradi-Shahrbabak, M., Sadeghi, M., Moradi-Shahrbabak, H., Stella, A., Nicolazzi, E., Rahmaninia, J., & Williams, J. L. (2018). A genome-wide scan for signatures of selection in Azeri and Khuzestani buffalo breeds. BMC Genomics, 19(1), 449. doi: 10.1186/s12864-018-4759-x Mohammadi, H., Rafat, S. A., Moradi Shahrbabak, H., Shodja, J., & Moradi, M. H. (2020). Genome-wide association study and gene ontology for growth and wool characteristics in Zandi sheep. Journal of Livestock Science and Technologies, 8(2), 45-55. doi: 10.22103/JLST.2020.15795.1317 Purcell, S., Neale, B., Todd-Brown, K., Thomas, L., Ferreira, M. A., Bender, D., Maller, J., Sklar, P., de Bakker, P. I., Daly, M. J., & Sham, P. C. (2007). PLINK: a tool set for whole-genome association and population-based linkage analyses. American Journal of Human Genetics, 81(3), 559-575. doi: 10.1086/519795 Pum, A., Ennemoser, M., Gerlza, T., & Kung, A. J. (2022). The role of heparan sulfate in CCL26-induced eosinophil chemotaxis. International Journal of Molecular Science, 23(12), 6519. doi: 10.3390/ijms23126519 Quick, A. E., Ollivett, T. L., Kirkpatrick, B. W., & Weigel, K. A. (2020). Genomic analysis of bovine respiratory disease and lung consolidation in preweaned Holstein calves using clinical scoring and lung ultrasound. Journal of Dairy Science, 103(2), 1632-1641. doi: 10.3168/jds.2019-16531 Robbins, C. M., Tembe, W. A., Baker, A., Sinari, S., Moses, T. Y., Beckstrom-Sternberg, S., Beckstrom-Sternberg, J., Barrett, M., & Carpten, J. D. (2011). Copy number and targeted mutational analysis reveals novel somatic events in metastatic prostate tumors. Genome Research, 21(1), 47-55. doi: 10.1101/gr.107961.110 Rostamzadeh Mahdabi, E., Esmailizadeh, A., Ayatollahi Mehrgardi, A., & Asadi Fozi, M. (2021). A genome-wide scan to identify signatures of selection in two Iranian indigenous chicken ecotypes. Genetic Selection Evolution, 53(1), 72. doi: 10.1186/s12711-022-00720-y Sanchez, M. P., Guatteo, R., Davergne, A., Saout, J., Grohs, C., Deloche, M. C., Taussat, S., Fourichon, C., & Boichard, D. (2020). Identification of the ABCC4, IER3, and CBFA2T2 candidate genes for resistance to paratuberculosis from sequence-based GWAS in Holstein and Normande dairy cattle. Genetic Selection Evolution, 52(1), 14. doi: 10.1186/s12711-020-00535-9 Saravanan, K. A., Panigrahi, M., Kumar, H., Parida, S., Bhushan, B., Gaur, G. K., Dutt, T., Mishra, B. P., & Singh, R. K. (2021). Genomic scans for selection signatures revealed candidate genes for adaptation and production traits in a variety of cattle breeds. Genomics, 113(3), 955-963. doi: 10.1016/j.ygeno.2021.02.009 Vardi, I., Barel, O., Sperber, M., Schvimer, M., Nunberg, M., Field, M. Ouahed, J., Marek-Yagel, D., Weiss, B., & Shouval, D. S. (2018). Genetic and structural analysis of a SKIV2L mutation causing tricho-hepato-enteric syndrome. Digestive Diseases and Sciences, 63(5), 1192-1199. doi: 10.1007/s10620-018-4983-x Weir, B. S., & Cockerham, C. C. (1984). Estimating F‐statistics for the analysis of population structure. Evolution, 38(6), 1358-1370. doi: 10.1111/j.1558-5646.1984.tb05657.x Wright, S. (1965). The interpretation of population structure by F-statistics with special regard to systems of mating. Evolution, 1, 395-420. doi: 10.1111/j.1558-5646.1965.tb01731.x Yurchenko, A. A., Daetwyler, H. D., Yudin, N., Schnabel, R. D., Vander Jagt, C. J., Soloshenko, V., Lhasaranov, B., Popov, R., Taylor, J. F., & Larkin, D. M. (2018). Scans for signatures of selection in Russian cattle breed genomes reveal new candidate genes for environmental adaptation and acclimation. Scientific Reports, 8(1), 12984. doi: 10.1038/s41598-018-31304-w Zhao, F., McParland, S., Kearney, F., Du, L., & Berry, D. P. (2015). Detection of selection signatures in dairy and beef cattle using high-density genomic information. Genetics Selection Evolution, 47(1), 49. doi: 10.1186/s12711-015-0127-3 | ||
آمار تعداد مشاهده مقاله: 283 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 195 |