تعداد نشریات | 31 |
تعداد شمارهها | 743 |
تعداد مقالات | 7,076 |
تعداد مشاهده مقاله | 10,162,627 |
تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 6,862,109 |
شباهت های ژنتیکی و تجزیه و تحلیل تبارشناختی گونه های وحشی و اهلی گوسفند بر اساس ژنوم میتوکندریایی | ||
تحقیقات تولیدات دامی | ||
دوره 11، شماره 3، آذر 1401، صفحه 1-13 اصل مقاله (1.41 M) | ||
نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
شناسه دیجیتال (DOI): 10.22124/ar.2022.22429.1709 | ||
نویسندگان | ||
فاطمه ربیعی1؛ رامین عبدلی* 2؛ فرجاد رفیعی3؛ نوید قوی حسین زاده4 | ||
1دانشآموخته کارشناسی ارشد، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه بوعلی سینا | ||
2استادیار، مرکز تحقیقات ابریشم کشور، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، گیلان، ایران | ||
3استادیار، گروه بیوتکنولوژی، دانشکده علوم کشاورزی، دانشگاه گیلان | ||
4استاد، گروه علوم دامی، دانشکده علوم کشاورزی، دانشگاه گیلان | ||
چکیده | ||
در مطالعه حاضر، توالیهای کامل ژنوم میتوکندریایی همراه با توالیهای جداگانه 13 ژن رمزگر پروتئین به ازای هر ژنوم از شش گونه گوسفند وحشی شامل Asian Mouflon (Ovis orientalis)، Bighorn (Ovis canadensis)، Argali (Ovis ammon)، Urial (Ovis vignei)، Snow (Ovis nivicola)، Dall (Ovis dalli) و گونه گوسفند اهلی (Ovis aries) از بانک اطلاعاتی NCBI استخراج و با یکدیگر مقایسه شدند. نتایج حاصل از تجزیه و تحلیل فاصله توالیها نشاندهنده بیشترین شباهت ژنتیکی (8/99 درصد) بین گوسفند وحشی Ovis orientalis و گوسفند اهلی (Ovis aries) بود. کمترین شباهت ژنتیکی (95 درصد) بین گوسفند اهلی (Ovis aries) و گوسفند وحشی Ovis dalli مشاهده شد. در تجزیه و تحلیل تبارشناختی، دو خوشه اصلی، هر کدام با زیرخوشههای متفاوت شناسایی شدند. گوسفند گونه اهلی (Ovis aries) همراه با گوسفندان وحشی Ovies orientalis، Ovis vignei و Ovis ammon خوشههای متمایزی تشکیل دادند و گوسفندان گونه وحشی Ovis nivicola، Ovis dalli و Ovis canadensis در یک خوشه مشابه قرار گرفتند. نتایج حاصل از تمامی 13 ژن رمزگر پروتئین با نتایج حاصل از توالیهای کامل ژنومهای میتوکندریایی، مشابه بودند. بر اساس نتایج حاصل از مطالعه حاضر، توالیهای ژنوم میتوکندریایی میتوانند برای تجزیه و تحلیل تبارشناختی دقیق و خوشهبندی گونههای متفاوت گوسفند مورد استفاده قرار گیرند. | ||
کلیدواژهها | ||
درخت تبارشناسی؛ شباهت ژنتیکی؛ گوسفند؛ میتوژنوم | ||
مراجع | ||
Abdoli R., Mazumder T. H., Nematollahian S., Sourati Zanjani R., Abdolahi Mesbah R. and Uddin A. 2022. Gaining insights into the compositional constraints and molecular phylogeny of five silkworms mitochondrial genome. International Journal of Biological Macromolecules, 206: 543-552. Abdoli R., Zamani P. and Ghasemi M. 2018. Genetic similarities and phylogenetic analysis of human and farm animal species based on mitogenomic nucleotide sequences, Meta Gene, 15: 23-26. Alberto F. J., Boyer F., Orozco-Terwengel P., Streeter I., Servin B., De Villemereuil P., Benjelloun B., Librado P., Biscarini F., Colli L., Barbato M., Zamani W., Alberti A., Engelen S., Stella A., Joost S., Ajmone-Marsan P., Negrini R., Orlando L., Rezaei H. R., Naderi S., Clarke L., Flicek P., Wincker P., Coissac E., Kijas J., Tosser-Klopp G., Chikhi A. and Bruford M. W. 2018. Convergent genomic signatures of domestication in sheep and goats. Nature, 9: 813. Bahri Binabaj F., Bihamta G. and Pirkhezranian Z. 2018. Genetic diversity and phylogenetic analysis of D-loop region of mtDNA in Baluchi sheep breed. Iranian Journal of Animal Science Research. 10: 131-139. (In Persian). Behura S. K. 2015. Insect phylogenomics. Insect Molecular Biology, 24: 403-411. Boore J. L. 1999. Animal mitochondrial genomes. Nucleic Acids Research, 27: 1767-1780. Brake M. H., Migdadi H. M., Sadder M. T., Khaleel Jawasreh S. A., Ruba Al Omari W. O. and Haddad N. J. 2021. Complete mitochondrial genome sequence of Awassi-Jo sheep breed (Ovis aries) in Jordan, Mitochondrial DNA Part B, 6: 1263-1264. Brown W. M., George M. and Wilson A. C. 1979. Rapid evolution of animal mitochondrial DNA. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 76: 1967-1971. Burland T. G. 2000. DNASTAR's Lasergene sequence analysis software. Methods in Molecular Biology, 132: 71-91. Chandra S. B. C., Vik J. L. and Kapatral V. 2006. Comparative insect mitochondrial genomes: Differences despite conserved genome synteny. African Journal of Biotechnology, 5: 1308-1318. Chial H. and Craig J. 2008. mtDNA and mitochondrial diseases. Nature Education, 1: 217. Cieslak M., Pruvost M., Benecke N., Hofreiter M., Morales A., Reissmann M. and Ludwig A. 2010. Origin and history of mitochondrial DNA lineages in domestic horses. PLoS One, 5: e15311. da Silva F. S., Cruz A. C. R. and de Almeida Medeiros D. B. 2020. Mitochondrial genome sequencing and phylogeny of Haemagogus albomaculatus, Haemagogus leucocelaenus, Haemagogus spegazzinii, and Haemagogus tropicalis (Diptera: Culicidae). Scientific Reports, 10: 16948. Fan H., Zhao F., Zhu C., Li F., Liu Jidong., Zhang L., Wei C. and Du L. 2016. Complete mitochondrial genome sequences of Chinese indigenous sheep with different tail types and an analysis of phylogenetic evolution in domestic sheep. Animal Bioscience, 29: 631-639. Harris R. B. and Reading R. 2008. Ovis ammon. IUCN Red List of Threatened Species. Version 2012.1. http://www.iucnredlist.org. Hiendleder S., Kaupe B., Wassmuth R. and Janke A. 2002. Molecular analysis of wild and domestic sheep questions current nomenclature and provides evidence for domestication from two different subspecies. Proceedings: Biological Sciences, 269(1494): 893-904. Hu X. D. and Gao L. Z. 2016. The complete mitochondrial genome of domestic sheep, Ovis aries. Mitochondrial DNA Part A: DNA Mapping, Sequencing, and Analysis, 27: 1425-1427. Lancioni H., Di Lorenzo P., Ceccobelli S., Perego U. A., Miglio A., Landi V., Antognoni M. T., Sarti F. M., Lasagna E. and Achilli A. 2013. Phylogenetic relationships of three Italian merino-derived sheep breeds evaluated through a complete mitogenome analysis. PLoS One, 8(9): e73712. Lenstra J. A., Groeneveld L. F., Eding H., Kantanen J., Williams J. L., Taberlet P., Nicolazzi E. L., Sölkner J., Simianer H., Ciani E., Garcia J. F., Bruford M. W., Ajmone-Marsan P. and Weigend S. 2012. Molecular tools and analytical approaches for the characterization of farm animal genetic diversity. Animal Genetics, 43: 483-502. Liu J., Ding X., Zeng Y., Yue Y., Guo X., Guo T., Chu M., Wang F., Han J., Feng R., Sun X., Niu C., Yang B., Guo J. and Yuan C. 2016. Genetic diversity and phylogenetic evolution of Tibetan sheep based on mtDNA D-Loop sequences. PLoS One, 11(7): e0159308. Loehr J., Worley K., Grapputo A., Carey J., Veitch A. and Coltman D. W. 2006. Evidence for cryptic glacial refugia from North American mountain sheep mitochondrial DNA. Journal of Evolutionary Biology, 19: 419-430. Ludwig A., Alderson L., Fandrey E., Lieckfeldt D., Soederlund T. K. and Froelich F. 2013. Tracing the genetic roots of the indigenous white park cattle. Animal Genetics, 44: 383-386. Mallon D., Singh N. and Röttger C. 2014. International single species action plan for the conservation of the argali Ovis ammon. CMS Technical Series, 20: 43. Meadows J. R. S., Cemal I., Karaca O., Gootwine E. and Kijas J. W. 2007. Five ovine mitochondrial lineages identified from sheep breeds of the near East. Genetics, 175: 1371-1379. Meadows J. R. S., Hiendleder S. and Kijas J. 2011. Haplogroup relationships between domestic and wild sheep resolved using a mitogenome panel. Heredity, 106: 700-706. Nazari M. and Mohamadi Ahvazi G. 2022. Genetic and phylogenetic analysis of mitochondrial D-loop HVR I region in three breeds of native sheep Iran (Taleshi, Shal and Makui). Veterinary Research and Biological Products, 35(1): 31-39. (In Persian). Pirkhezranian Z., Razmkabir M. and Nazifi N. 2017. Genetic and phylogenetic analyses of partial control region of mtDNA in Zandi sheep breed. Journal of Agricultural Biotechnology, 9: 25-40. (In Persian). Pramod R. K., Velayutham D., Sajesh P. K., Beena P. S., Zachariah A., Zachariah A., Chandramohan B., Sujith S. S., Santhosh S., Iype S., Ganapathi P., Kumar B. D., Gupta R. and Thomas G. 2018. The complete mitochondrial genome of Indian cattle (Bos indicus). Mitochondrial DNA B, 3: 207-208. Qiao G., Zhang H., Zhu S., Yuan C., Zhao H., Han M., Yue Y. and Yang B. 2020. The complete mitochondrial genome sequence and phylogenetic analysis of Alpine Merino sheep (Ovis aries). Mitochondrial DNA Part B, 5: 990-991. Ramey R. R. 1993. Evolutionary genetics and systematics of North American mountain sheep. Ph.D. Dissertation. Cornell University, Ithaca, NY. Roy S. S., Dasgupta R. and Bagchi A. 2014. A review on phylogenetic analysis: A journey through modern era. Computational Molecular Bioscience, 4: 39-45. Sulaiman Y., Wu C. and Zhao C. 2011. Phylogeny of 19 indigenous sheep populations in Northwestern China inferred from mitochondrial DNA control region. Asian Journal of Animal and Veterinary Advances, 6: 71-79. Tamura K., Stecher G. and Kumar S. 2021. MEGA11: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 11. Molecular Biology and Evolution, 38(7): 3022-3027. Tapio M., Marzanov N., Ozerov M., inkulov M., Gonzarenko G. and Kiselyova T. 2006. Sheep mitochondrial DNA variation in European, Caucasian, and Central Asian areas. Molecular Biology and Evolution, 23: 1776-1783. Wilson D. E. and Reeder D. M. 2005. Mammal species of the world. A taxonomic and geographic reference (3rd edition), Johns Hopkins University Press. P.142. (Available from Johns Hopkins University Press, 1-800-537-5487 or (410) 516-6900 http://www.press.jhu.edu). Wu B. and Wang Z. 2005. Phylogenetic analysis of the snow sheep (Ovis nivicola) and closely related taxa. Journal of Heredity, 97: 21-30. Wu C. H., Zhang Y. P., Bunch T. D., Wang S. and Wang W. 2003. Mitochondrial control region sequence variation within the argali wild sheep (Ovis ammon): evolution and conservation relevance. Mammalia, 67: 109-118. Xiao P., Niu L. L., Zhao Q. J., Chen X. Y., Wang L. J., Li L., Zhang H. P., Guo J. Z., Xu H. Y. and Zhong T. 2018. New insights into mitogenomic phylogeny and copy number in eight indigenous sheep populations based on the ATP synthase and cytochrome c oxidase genes. Animal, 12: 1341-1349. Xin W., Yue-Hui M. and Hong C. 2006. Analysis of the genetic diversity and the phylogenetic evolution of Chinese sheep based on Cyt b gene sequences. Acta Genetica Sinica, 33: 1081-1086. Yang Z. and Rannala B. 2012. Molecular phylogenetics: principles and practice. Nature Reviews Genetics, 13: 303-314. | ||
آمار تعداد مشاهده مقاله: 777 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 320 |