تعداد نشریات | 31 |
تعداد شمارهها | 743 |
تعداد مقالات | 7,072 |
تعداد مشاهده مقاله | 10,150,674 |
تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 6,858,326 |
مطالعه ساختار ژنتیکی جمعیت گوسفند شین بش با استفاده از نشانگرهای مولکولی | ||
تحقیقات تولیدات دامی | ||
دوره 11، شماره 3، آذر 1401، صفحه 27-40 اصل مقاله (1.21 M) | ||
نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
شناسه دیجیتال (DOI): 10.22124/ar.2022.21249.1671 | ||
نویسندگان | ||
علی جوانروح* 1؛ صلاح الدین خدامرادی2 | ||
1استادیار، موسسه تحقیقات علوم دامی کشور، سازمان تحقیقات آموزش و ترویج کشاورزی، کرج، ایران | ||
2استادیار، گروه علوم دامی، واحد مهاباد، دانشگاه آزاد اسلامی | ||
چکیده | ||
در این تحقیق جهت مطالعه ساختار ژنتیکی جمعیت گوسفند شین بش، تعداد 75 نمونه خون از محل پراکنش این حیوانات جمعآوری شد. استخراج DNA با روش بهینه یافته Salting-Out انجام گرفت. تعداد 10 جایگاه ریزماهواره و یک ناحیه کنترلی D-Loop مربوط به DNA میتوکندریایی (mtDNA) مورد مطالعه قرار گرفت. برای تکثیر جایگاههای ریزماهواره از یک PCR چندگانه استفاده شد. آغازگرهای انتخابی نشاندار شده و با استفاده از دستگاه Genetic Analyser تعیین ژنوتیپ افراد انجام گرفت. در مجموع، 84 آلل در جمعیت مورد مطالعه شناسایی شد، لذا متوسط تعداد آلل به ازای هر نشانگر برابر با 4/8 بود. میانگین هتروزیگوسیتی مورد انتظار و هتروزیگوسیتی مشاهده شده در این جمعیت به ترتیب برابر با 042/0±724/0 و 058/0±80/0 بود. مقدار FIS در این جمعیت برابر با 108/0- بود که نشاندهنده غیرهمخون بودن و وجود تنوع قابل توجه در این جمعیت است. نتایج حاصل از ناحیه کنترلی mtDNA نشان داد که میزان تنوع هاپلوتیپی و درصد جایگاههای چندشکل در این جمعیت به ترتیب 039/0±938/0 و 59/4 است. از مجموع 24 نمونه تعیین توالی شده در ناحیه کنترلی mtDNA، تعداد 17 هاپلوتیپ در جمعیت مورد مطالعه مشخص شد. میزان تنوع نوکلئوتیدی در جمعیت شین بش، 0013/0±0131/0 به ازای هر جایگاه بهدست آمد. نتایج این تحقیق نشان داد که 50 درصد از افراد جمعیت شین بش دارای هاپلوگروه A، 2/29 درصد افراد دارای هاپلوگروه B و 8/20 درصد افراد دارای هاپلوگروه C هستند. | ||
کلیدواژهها | ||
خصوصیات ژنتیکی؛ گوسفند شین بش؛ نشانگر ریزماهواره؛ DNA میتوکندریایی | ||
مراجع | ||
Al-Atiyat R. M., Aljumaah R. S., Alshaikh M. A. and Abudabos A. M. 2018. Microsatellite-based genetic structure and diversity of local Arabian sheep breeds. Frontiers in Genetics, 9: 408. Angelo F. D., Albenzio M., Sevi A., Ciampolini R., Cecchi F., Ciani E. and Muscio A. 2009. Genetic variability of the Gentile di Puglia sheep breed based on microsatellite polymorphism. Journal of Animal Science, 87(4): 1205-1209. Barker J. S. F. 2001. Conservation and management of genetic diversity: a domestic animal perspective. Canadian Journal of Forest Research, 31: 588-595. Beuzen N. D., Stear M. J. and Chang K. C. 2000. Molecular markers and their use in animal breeding. The Veterinary Journal, 60(1): 42-52. Boratyn G. M., Schäffer A. A., Agarwala R., Altschul S. F., Lipman D. J. and Madden T. L. 2012. Domain enhanced lookup time accelerated BLAST. Biology Direct, 17(7): 12. Chen S. Y., Duan Z. Y., Sha T., Xiangyu J., Wu S. F. and Zhang Y. P. 2006. Origin, genetic diversity, and population structure of Chinese domestic sheep. Gene, 376: 216-223. Dudu A., Popa G. O., Ghiță E., Pelmuș R., Lazăr C., Costache M. and Georgescu S. E. 2020. Assessment of genetic diversity in main local sheep breeds from Romania using microsatellite markers. Archives Animal Breeding, 63(1): 53-59. El Nahas S., Hassan A., Abou Mossallam A., Mahfouz E., Bibars M., Oraby H. and Hondt H. A. 2008. Analysis of genetic variation in different sheep breeds using microsatellites. African Journal of Biotechnology, 7(8): 1060-1068. FAO. 2007. The State of the world’s animal genetic resources for Food and Agriculture- in brief. Edited by Pilling D. and Rischkowsky B. Rome, Italy. FAO. 2011. Guideline on molecular genetic characterization of animal genetic resources. Food and Agriculture Organization. Rome, Italy. Ferreira J. S., Paiva S. R., Silva E. C., McManus C. M., Caetano A. R., Façanha D. A. and de Sousa M. A. 2014. Genetic diversity and population structure of different varieties of Morada Nova hair sheep from Brazil. Genetics and Molecular Research, 13(2): 2480-2490. Groeneveld L. F. Lenstra J. A. Eding H. Toro M. A. Scherf B., Pilling D., Negrini R., Finlay E. K., Jianlin H., Groeneveld E. and Weigend S. 2010. Genetic diversity in farm animals-a review. Animal Genetics, 41(1): 6-31. Hall T. A. 1999. BioEdit: A user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for windows 95/98/NT. Nucleic Acids Symposium Series, 41: 95-98. Hedrick P. W. 2000. Genetics of populations. 2nd Edition, Jones and Bartlett Publishers, Sudbury, MA. Javanrouh A. 2013. Determination of genetic relationships of Shin Bash sheep population with Ghezel, Harki, Shal and Zandi breeds using mtDNA and microsatellite markers. The final report of the research project, Agricultural Research, Education and Extension Organization, Karaj, Iran. (In Persian). Kumar S., Stecher G. and Tamura K. 2016. MEGA7: Molecular evolutionary genetics analysis version 7.0 for bigger datasets. Molecular Biology and Evolution, 33: 1870-1874. Ladoukakis E. D. and Zouros E. 2017. Evolution and inheritance of animal mitochondrial DNA: rules and exceptions. Journal of Biological Research-Thessalonike, 24: 2. Liu J., Ding X., Zeng Y., Yue Y., Guo X., Guo T., Chu M., Wang F., Han J., Feng R., Sun X., Niu C., Yang B., Guo J. and Yuan C. 2016. Genetic diversity and phylogenetic evolution of Tibetan sheep based on mtDNA D-Loop sequences. PloS One, 11(7): e0159308. Lv F. H., Peng W. F., Yang J., Zhao Y. X., Li W. R., Liu M. J., Ma Y. H., Zhao Q. J., Yang G. L., Wang F., Li J. Q., Liu Y. G., Shen Z. Q., Zhao S. G., Hehua E., Gorkhali N., Vahidi F., Muladno M., Naqvi A. N., Tabell J., Iso-Touru T., Bruford M. W., Kantanen J., Han J.L. and Li M. H. 2015. Mitogenomic meta-analysis identifies two phases of migration in the history of eastern Eurasian sheep. Molecular Biology and Evolution, 32: 2515-2533. Machová K., Málková A. and Vostrý L. 2022. Sheep post-domestication expansion in the context of mitochondrial and Y chromosome haplogroups and haplotypes. Genes, 13(4): 613. Molaei V., Asfouri R., Eskandari Nasab M. P., Ghanbari P. and Nikmard M. 2010. Microsatellite diversity in six Iranian sheep breeds. Iranian Journal of Animal Science Research, 2(2): 178-183. (In Persian). Mukhametzharova I., Islamov Y., Shauyenov S., Ibrayev D., Atavliyeva S. and Tarlykov P. 2018. Genetic characterization of Kazakh native sheep breeds using mitochondrial DNA. Online Journal of Biological Sciences, 18(3): 341-348. Mustafa S. I., Schwarzacher T. and Heslop-Harrison J. S. 2018. Complete mitogenomes from Kurdistani sheep: abundant centromeric nuclear copies representing diverse ancestors. Mitochondrial DNA Part A, 29(8): 1180-1193. Oner Y., Calvo J. H. and Elmaci C. 2013. Investigation of the genetic diversity among native Turkish sheep breeds using mtDNA polymorphisms. Tropical Animal Health and Production, 45(4): 947-951. Peakall R. and Smouse P. E. 2012. GenAlEx 6.5: genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research-an update. Bioinformatics, 28: 2537-2539. Pedrosa S., Arranz J. J., Brito N., Renseigné N., Primitivo F. S. and Bayon Y. 2007. Mitochondrial diversity and the origin of Iberian sheep. Genetics Selection Evolution, 39(1): 91-103. Pedrosa S., Uzun M., Arranz J. J., Gutiérrez-Gil B., San Primitivo F. and Bayón Y. 2005. Evidence of three maternal lineages in Near Eastern sheep supporting multiple domestication events. Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, 272(1577): 2211-2217. Rafia P. and Tarang A. 2016. Sequence variations of mitochondrial DNA displacement-loop in Iranian indigenous sheep breeds. Iranian Journal of Applied Animal Science, 6(2): 363-368. Rozas J., Ferrer-Mata A., Sánchez-DelBarrio J. C., Guirao-Rico S., Librado P., Ramos-Onsins S. E. and Sánchez-Gracia A. 2017. DnaSP 6: DNA sequence polymorphism analysis of large data Sets. Molecular Biology and Evolution, 34(12): 3299-3302. Schroeder O., Benecke N., Frölich K., Peng Z., Kaniuth K., Sverchkov L., Reinhold S., Belinskiy A. and Ludwig A. 2017. Endogenous retroviral insertions indicate a secondary introduction of domestic sheep lineages to the Caucasus and Central Asia between the bronze and iron age. Genes, 8(6): 165. Sharma R., Ahlawat S., Sharma H., Sharma P., Panchal P., Arora R. and Tantia M. S. 2020. Microsatellite and mitochondrial DNA analyses unveil the genetic structure of native sheep breeds from three major agro-ecological regions of India. Scientific Reports, 10(1): 20422. Tapio M., Marzanov N., Ozerov M., Cinkulov M., Gonzarenko G., Kiselyova T., Murawski M., Viinalass H. and Kantanen J. 2006. Sheep mitochondrial DNA variation in European, Caucasian, and Central Asian areas. Molecular Biology and Evolution, 23: 1776-1783. Tarlykov P., Atavliyeva S., Auganova D., Akhmetollayev I., Loshakova T., Varfolomeev V. and Ramankulov Y. 2021. Mitochondrial DNA analysis of ancient sheep from Kazakhstan: evidence for early sheep introduction. Heliyon, 7(9): e08011. Yeh F. C., Yang R. and Boyle T. 1999. POPGENE. Version 1.31. Microsoft Window–based Freeware for Population Genetic Analysis. University of Alberta, Edmonton, AB, Canada. | ||
آمار تعداد مشاهده مقاله: 814 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 271 |