تعداد نشریات | 31 |
تعداد شمارهها | 748 |
تعداد مقالات | 7,112 |
تعداد مشاهده مقاله | 10,246,084 |
تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 6,899,783 |
صحت ارزیابی ژنومی با در نظر گرفتن اثر متقابل بین روش آماری برآورد آثار نشانگری، ساختار جمعیت و معماری ژنتیکی صفت | ||
تحقیقات تولیدات دامی | ||
دوره 10، شماره 2، شهریور 1400، صفحه 1-10 اصل مقاله (1.36 M) | ||
نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
شناسه دیجیتال (DOI): 10.22124/ar.2021.16234.1520 | ||
نویسندگان | ||
عباس عاطفی* 1؛ عبدالاحد شادپرور2؛ نوید قوی حسین زاده2 | ||
1دانشآموخته دکتری ژنتیک و اصلاح نژاد دام، گروه علوم دامی، دانشکده علوم کشاورزی، دانشگاه گیلان | ||
2استاد، گروه علوم دامی، دانشکده علوم کشاورزی، دانشگاه گیلان | ||
چکیده | ||
هدف تحقیق حاضر بررسی اثر متقابل بین روشهای برآورد آثار نشانگری، ساختار جمعیت و معماری ژنتیکی صفت بر صحت ارزیابی ژنومی بود. جمعیت پایهای با دو اندازه موثر 100 و 500 فرد به وسیله نرم افزار QMSim شبیهسازی شد. تعداد 500 نشانگر و دو تعداد متفاوت جایگاههای کنترل کننده صفات کمّی یا QTL ( 50 و 200) روی ژنوم متشکل از یک کروموزوم به طول 100 سانتیمورگان بهطور تصادفی پراکنده شدند. در پژوهش حاضر، سه صفت با وراثت پذیری 1/0 ، 3/0 و 5/0 شبیهسازی شد. ارزشهای اصلاحی ژنومی به وسیله روشهای رگرسیون ریج بیزی، بیز A، بیز B، بیز C، بیز LASSO، روش نیمه پارامتری بر پایه کرنل و شبکههای عصبی پیشبینی شدند. در هر سه میزان وراثت پذیری، با افزایش اندازه موثر جمعیت، صحت برآوردهای ژنومی کاهش یافت، ولی شدت آن برای روشهای آماری یکسان نبود. در وراثت پذیری پایین، با افزایش تعداد QTL، میزان صحت ارزشهای اصلاحی ژنومی افزایش یافت. بر عکس، میزان صحت ارزشهای اصلاحی در وراثت پذیری متوسط و بالا کاهش یافت. در صفات با توزیع یکنواخت QTLها، با افزایش تعداد QTL، مقدار صحت ارزیابی ژنومی کاهش، ولی افزایش تعداد QTL در صفاتی که QTLهای آنها دارای توزیع نرمال و گاما بود، منجر به افزایش صحت شد. در هر سه نوع توزیع یکنواخت، نرمال و گاما، میزان صحت با افزایش اندازه موثر جمعیت کاهش یافت. نتایج پژوهش حاضر آثار متقابل بین روشهای آماری، ساختار جمعیت و معماری ژنتیکی صفت را بر صحت ارزیابی ژنومی به وضوح نشان میدهد. | ||
کلیدواژهها | ||
اثر متقابل؛ انتخاب ژنومی؛ ساختار جمعیت؛ صحت پیشبینی؛ معماری ژنتیکی صفت | ||
مراجع | ||
محمودی ن.، آیت الهی مهرجردی ا.، هنرور م.، و اسماعیلی زاده کشکوئیه، ع. 1394. مطالعه توزیع آماری آثار QTL بر صحت ارزشهای اصلاحی ژنومی برآورد شده با روش.Bayesian پژوهشهای علوم دامی ایران، 7(3): 356-363. Alanoshahr F., Rafat S. A., Imany-Nabiyyi R., Alijani S. and Robert Granie C. 2017. Effects of marker density, number of quantitative trait loci and heritability of trait on genomic selection accuracy. Iranian Journal of Applied Animal Science, 7(4): 595-601. Alanoshahr F., Rafat S. A., Imany-Nabiyyi R., Alijani S. and Robert Granie C. 2018. The impact of different genetic architectures on accuracy of genomic selection using three Bayesian methods. Iranian Journal of Applied Animal Science, 8(1): 53-59. Atefi A., Shadparvar A. A. and Ghavi Hossein-Zadeh N. 2018. Accuracy of genomic prediction under different genetic architectures and estimation methods. Iranian Journal of Applied Animal Science, 8(1): 43-52.
Daetwyler H. D., Pong-Wong R., Villanueva B. and Woolliams J. A. 2010. The impact of genetic architecture on genome-wide evaluation methods. Genetics,185(3): 1021-1031. Daetwyler H., Villanueva B. and Woolliams J. A. 2008. Accuracy of predicting the genetic risk of disease using a genome-wide approach. PloS One, 3(10): e3395. Gianola D., Fernando R. L. and Stella A. 2006. Genomic assisted prediction of genetic value with semi-parametric procedures. Genetics, 173(3): 1761-1776. Gonzalez-Recio O., Gianola D., Long N., Weigel K. A., Rosa G. J. M. and Avendano S. 2008. Nonparametric methods for incorporating genomic information into genetic evaluations: an application to mortality in broilers. Genetics, 178: 2305-2313.
Gorgani Firozjah N., Atashi H., Dadpasand M. and Zamiri M. 2014. Effect of marker density and trait heritability on the accuracy of genomic prediction over three generations. Journal of Livestock Science and Technologies, 2(2): 53:58. Habier D., Fernando R. L., Kizilkaya K. and Garrick D. J. 2011. Extension of the bayesian alphabet for genomic selection. BMC Bioinformatics, 12: 186.
Hayes B. 2007. QTL mapping, mas, and genomic selection. A short-course. Department of Animal Science, Iowa State University. https://www.ans.iastate.edu/files/page/files/notes.pdf. Hoerl A. E. and Kennard R. W. 1970. Ridge regression: Biased estimation for nonorthogonal problems. Technometrics, 12(1): 55-67. Honarvar M. and Rostami M. 2013. Accuracy of genomic prediction using rr-blup and bayesian lasso. European Journal of Experimental Biology, 3(3): 42-47. Howard R., Carriquiry A. L. and Beavis W. D. 2014. Parametric and nonparametric statistical methods for genomic selection of traits with additive and epistatic genetic architectures. G3: Genes, Genomes, Genetics, 4(6): 1027-1046. Liu T., Qu H., Luo C., Shu D., Wang J., Lund M. S. and Su G. 2014. Accuracy of genomic prediction for growth and carcass traits in Chinese triple-yellow chickens. BMC genetics, 15(1): 110. Meuwissen M. H. E., Hayes B. J. and Goddard M. 2001. Prediction of total genetic value using genome-wide dense marker maps. Genetics,157(4): 1819-1829. Muir W. M. 2007. Comparison of genomic and traditional BLUP-estimated breeding value accuracy and selection response under alternative trait and genomic parameters. Journal of Animal Breeding and Genetics, 124: 342-355.
Park T. and Casella G. 2008. The Bayesian Lasso. Journal of the American Statistical Association, 103(482): 681-686. Sargolzaei M. and Schenkel F. S. 2009. QMSim: a large-scale genome simulator for livestock. Bioinformatics, 25(5): 680-681. Uemoto Y., Sasaki S., Kojima T., Sugimoto Y. and Watanabe T. 2015. Impact of QTL minor allele frequency on genomic evaluation using real genotype data and simulated phenotypes in Japanese Black cattle. BMC Genetics, 16: 134. Valente M. S. F., Viana J. M. S., Resende M. D. V., Silva F. F. and Lopes M. T. G. 2016. Genomic selection for plant breeding with different population structures. Pesquisa Agropecuária Brasileira, 51(11): 1857-1867. Weber K., Thallman R., Keele J., Snelling W., Bennett G., Smith T., McDaneld T., Allan M., Van Eenennaam A. and Kuehn L. 2012. Accuracy of genomic breeding values in multibreed beef cattle populations derived from deregressed breeding values and phenotypes. Journal of Animal Science, 90(12): 4177-4190. | ||
آمار تعداد مشاهده مقاله: 875 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 717 |