تعداد نشریات | 31 |
تعداد شمارهها | 743 |
تعداد مقالات | 7,073 |
تعداد مشاهده مقاله | 10,149,569 |
تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 6,857,543 |
بررسی بیان ژن و شبکه های ژنی مرتبط با آپوپتوزیس در مرغان حساس و مقاوم به آسیت والدین جوجه گوشتی آرین با استفاده از RNA-seq | ||
تحقیقات تولیدات دامی | ||
مقاله 6، دوره 8، شماره 1، خرداد 1398، صفحه 53-66 اصل مقاله (921.77 K) | ||
نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
شناسه دیجیتال (DOI): 10.22124/ar.2019.10582.1323 | ||
نویسندگان | ||
سعید صحرایی1؛ محمدرضا نصیری* 2؛ علی جوادمنش3؛ رضا توحیدی4؛ اسماعیل ابراهیمی5 | ||
1دانشجوی دوره دکتری تخصصی، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد | ||
2استاد، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد | ||
3استادیار، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد | ||
4استادیار، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، موسسه آموزش و تحقیقات تربت جام | ||
5دانشیار، گروه بیومدیکال مولکولی، دانشگاه آدلاید استرالیا | ||
چکیده | ||
برنامههای بهگزینی روی لاین آرین، بدون توجه به توسعه اندامهای حیاتی بدن، از جمله قلب سبب شده که این لاین به یکی از لاینهای بسیار حساس نسبت به سندروم آسیت شناخته شود. از اینرو، این مطالعه با هدف شناسایی ژنها و شبکههای ژنی درگیر با آپوپتوزیس قلبی در سلولهای بافت قلب مرغان حساس و مقاوم به آسیت لاین آرین انجام شد. بدین منظور، دو نمونه حساس و دو نمونه مقاوم استخراج RNA و اطلاعات ترانسکریپتومی آنها با استفاده از توالییابی نسل جدید RNA-Seq بدست آمد. تعیین کیفیت داده و حذف آلودگی آن با استفاده از نرمافزارهای FastQC و Trimmomatic صورت گرفت. همچنین تفریق بیان ژن با استفاده از نرمافزارهای Cuffmerge، Cufflink و Cuffdiff امکانپذیر شد. 20034 ژن در مجموع نمونهها مشاهده شدند که بعد از جداسازی ژنهای با میزان بیان معنیدار نمونههای مقاوم نسبت به حساس، در مجموع 291 ژن با 66 مسیر زیستی مرتبط دانسته شدند، که در این میان، 53 ژن در مسیر زیستی آپوپتوزیس ارتباط معنیدار داشتند. بررسی فرآیندهای زیستی هستیشناسی ژنهای معنیدار در نمونههای مقاوم به آسیت برای مسیر زیستی آپوپتوزیس نشان دادند که مسیرهای تنظیم فرآیند سلولی و تنظیم منفی آپوپتوزیس به طور معنیداری تحت تاثیر آسیت قرار دارند (01/0>FDR). شبکه ژنی ترسیم شده نشان داد که ژنهای MEF2A، FGF10، CDK1 و MAD2L1 دارای بیشترین ارتباط ژنی در شبکه ژنی هستند. بنابراین اصلاح نژاد مبتنی بر این ژنها و طراحی دارو ممکن است در کنترل آپوپتوزیس ناشی از سندروم آسیت موثر باشد. | ||
کلیدواژهها | ||
آپوپتوزیس؛ بیان ژن؛ سندروم آسیت؛ مرغ آرین؛ RNA-Seq | ||
مراجع | ||
Adachi S., Ito H. and Tamamori-Adachi M. 2001. Cyclin A/cdk2 activation is involved in hypoxia-induced apoptosis in cardiomyocytes. Circulation Research, 88(4): 408-414.
Ahuja P., Sdek P. and MacLellan W. R. 2007. Cardiac myocyte cell cycle control in development, disease, and regeneration. Physiological Reviews, 87(2): 521-544.
Alinaghizadeh H., Mohammad Abadi M. R. and Zakizadeh S. 2010. Exon 2 of BMP15 gene polymorphismin Jabal Barez Red Goat. Journal of Agricultural Biotechnology, 2(1): 69-80.
Andrews S. 2010. FastQC: a quality control tool for high throughput sequence data. Available online at:http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc.
Azizian M., Rahimi S., Kamali M. A., Karimi Torshizi M. A. and Zobdeh M. R. 2013. Comparison of the susceptibility of six male broiler hybrids to ascites by using hematological and pathological parameters. Journal of Agricultural Science and Technology, 15: 517-525.
Berezin A. E., Kremzer A. A., Martovitskaya Y. V., Samura T. A. and Berezina T. A. 2015. The predictive role of circulating microparticles in patients with chronic heart failure. BBA Clinical, 3: 18-24.
Bernecker O. Y., Huq F., Heist E. K., Podesser B. K. and Hajjar R. J. 2003. Apoptosis in heart failure and the senescent heart. Cardiovascular Toxically, 3: 183-190.
Bolger A. M., Lohse M. and Usadel B. 2014. Trimmomatic: A flexible trimmer for Illumina Sequence Data. Bioinformatics, 21: 11-17.
Chester N., Kuo F., Kozak C., O’Hara C. D. and Leder P. 1998. Stage-specific apoptosis, developmental delay, and embryonic lethality in mice homozygous for a targeted disruption in the murine Bloom’s syndrome gene. Genes and Development, 12(21): 3382-3393.
Desjardins C. A. and Naya F. J. 2016. The Function of the MEF2 Family of Transcription Factors in Cardiac Development, Cardiogenomics, and Direct Reprogramming. Journal of Cardiovascular Development and Disease, 3(3): 26.
Freedman J. E., Ting B., Hankin B., Loscalzo J., Keaney J. F., Vita J.A. 1998. Impaired platelet production of nitric oxide predicts presence of acute coronary syndromes. Circulation, 98: 1481-1486.
Huang D. W., Sherman B. T. and Lempicki R. A. 2009. Bioinformatics enrichment tools: paths toward the comprehensive functional analysis of large gene lists. Nucleic Acids Research, 37(1): 1-13.
Huang D. W., Sherman B. T. and Lempicki R. A. 2009. Systematic and integrative analysis of large gene lists using DAVID Bioinformatics Resources. Nature Protocols, 4(1): 44-57.
Jacobson M. D., Weil M. and Raff M. C. 1997. Programmed cell death in animal development. Cell, 88: 347-354.
Javanmard A., Mohammadabadi M. R., Zarrigabayi G. E., Gharahedaghi A. A., Nassiry M. R., Javadmansh A. and Asadzadeh N. 2008. Polymorphism within the intron region of the bovine leptin gene in Iranian Sarabi cattle (Iranian Bos taurus). Russian Journal of Genetics, 44(4), 495-497.
Kang P. M. and Izumo S. 2000. Apoptosis and heart failure: a critical review of the literature. Circulation Research, 86: 1107-1113.
Konstantinidis K., Whelan R. S. and Kitsis R. N. 2012. Mechanisms of cell death in heart disease. Arteriosclerosis, Thrombosis, and Vascular Biology, 32(7): 1552-1562.
Kumar D., Sudha T. and Singal P. K. 2003. Can apoptosis explain heart failure? Kuwait Medical Journal, 35: 86-90.
Laytragoon-Lewin N. 1997. Programmed cell death: the influence of CD40, CD95 (Fas or Apo-I) and their ligands. Medical Oncology, 15 (1): 15-19.
Lepilina A., Coon A. N., Kikuchi K., Holdway J. E., Roberts R. W., Burns C. G. and Poss K. D. 2006. A dynamic epicardial injury response supports progenitor cell activity during zebrafish heart regeneration. Cell, 127: 607-619.
McKinsey T. A., Zhang C. L. and Olson E. N. 2002. MEF2: A calcium-dependent regulator of cell division, differentiation and death. Trends in Biochemical Sciences, 27: 40-47.
Mitra A., Basak T., Datta K., Naskar S., Sengupta S. and Sarkar S. 2013. Role of α-crystallin B as a regulatory switch in modulating cardiomyocyte apoptosis by mitochondria or endoplasmic reticulum during cardiac hypertrophy and myocardial infarction. Cell Death Disease, 4: 582-590.
Moazeni S., Mohammadabadi M. R., Sadeghi M., Shahrbabak H., Koshkoieh A. and Bordbar F. 2016a. Association between UCP gene polymorphisms and growth, breeding value of growth and reproductive traits in Mazandaran indigenous chicken. Open Journal of Animal Sciences, 6(1): 1-8.
Moazeni S. M., Mohammadabadi M. R., Sadeghi M., Moradi Shahrbabak H. and Esmailizadeh A. K. 2016b. Association of the melanocortin-3(MC3R) receptor gene with growth and reproductive traits in Mazandaran indigenous chicken. Journal of Livestock Science and Technologies, 4(2): 51-56.
Mohammadabadi M. R., Nikbakhti M., Mirzaee H. R., Shandi A, Saghi D. A., Romanov M. N. and Moiseyeva I. G. 2010. Genetic variability in three native Iranian chicken populations of the Khorasan province based on microsatellite markers. Russian Journal of Genetics, 46(4): 505-509.
Mohammadi A., Nassiry M. R., Mosafer J., Mohammadabadi M. R. and Sulimova G. E. 2009. Distribution of BoLA-DRB3 allelic frequencies and identification of a new allele in the Iranian cattle breed Sistani (Bos indicus). Russian journal of genetics, 45(2): 198-202.
Mohammadifar A. and Mohammadabadi M. R. 2011. Application of microsatellite markers for a study of Kermani sheep genome. Iranian Journal of Animal Science, 42(4): 337-344.
Morrison L. E., Whittaker R. J., Klepper R. E., Wawrousek E. F. and Glembotski C. C. 2004. Roles for alphaB-crystallin and HSPB2 in protecting the myocardium from ischemia-reperfusion-induced damage in a KO mouse model. American Journal of Physiology-Heart and Circulatory Physiology, 286: 847-855.
Mortazavi A., Williams B., McCue K., Schaeffer L. and Wold B. 2008. Mapping and quantifying mammalian transcriptomes by RNA-Seq. Nature Methods, 5: 621-628.
Mousavizadeh A., Mohammad Abadi M. R., Torabi A., Nassiry M. R., Ghiasi H. and Esmailizadeh A. K. 2009. Genetic polymorphism at the growth hormone locus in Iranian Talli goats by polymerase chain reaction-single strand conformation polymorphism (PCR-SSCP). Iranian Journal of Biotechnology, 7(1): 51-53.
Olivetti G., Quaini F. and Sala R. 1996. Acute myocardial infarction in humans is associated with activation of programmed myocyte cell death in the surviving portion of the heart. Journal of Molecular and Cellular Cardiology, 28: 2005-2016.
Olson E. N. 1998. Transcriptional control of muscle development by myocyte enhancer factor-2 (MEF2) proteins. Annual Review of Cell and Developmental Biology, 14: 167-196.
Olson E. N. 2006. Gene regulatory networks in the evolution and development of the heart. Science, 313: 1922-1927.
Potthoff M. J. and Olson E. N. 2007. MEF2: A central regulator of diverse developmental programs. Development, 134: 4131-4140.
Rezvani M., Barrans J. D., Dai K. S. and Liew C. C. 2000. Apoptosis-related genes expressed in cardiovascular development and disease: an EST approach. Cardiovascular Research, 45(3): 621-9.
Shahdadnejad N., Mohammadabadi M. R. and Shamsadini M. 2016. Typing of Clostridium perfringens isolated from broiler chickens using Multiplex PCR. Genetics in the 3rd Millennium, 14(4): 4368-4374.
Shojaei M., Mohammad Abadi M. R., Asadi Fozi M., Dayani O., Khezri A. and Akhondi M. 2010. Association of growth trait and Leptin gene polymorphism in Kermani sheep. Journal of Cell and Molecular Research, 2: 67-73
The STRING database. 2017. Quality-controlled protein-protein association networks, made broadly accessible. Nucleic Acids Research, 45: D362-68.
Trapnell C., Pachter L. and Salzberg S. L. 2009. TopHat: discovering splice junctions with RNA-seq. Bioinformatics, 25: 1105-1111.
Vega-Hernández M., Kovacs A., De Langhe S. and Ornitz D. M. 2011. FGF10/FGFR2b signaling is essential for cardiac fibroblast development and growth of the myocardium. Development, 138(15): 3331-3340.
Wilhelm B. T., Marguerat S., Watt S., Schubert F., Wood V., Goodhead I., Penkett C. J., Rogers J. and Bahler J. 2008. Dynamic repertoire of a eukaryotic transcriptome surveyed at single-nucleotide resolution. Nature, 453: 1239-1243.
Zamani P., Akhondi M., Mohammadabadi M. R., Saki A. A., Ershadi A., Banabazi M. H., Abdolmohammadi A. R. 2013. Genetic variation of Mehraban sheep using two intersimple sequence repeat (ISSR) markers. African Journal of Biotechnology, 10: 1812-1817.
Zandi E., Mohammadabadi M. R., Ezzatkhah M., Esmailizadeh A. K. 2014. Typing of toxigenic isolates of Clostridium perfringens by Multiplex PCR in Ostrich. Iranian Journal of Applied Animal Science, 4(4): 509-514. | ||
آمار تعداد مشاهده مقاله: 2,231 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 893 |