تعداد نشریات | 31 |
تعداد شمارهها | 748 |
تعداد مقالات | 7,112 |
تعداد مشاهده مقاله | 10,246,170 |
تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 6,899,874 |
آنالیز ساختار ژنتیکی جمعیت گاوهای بومی ایران با استفاده از نشانگرهای متراکم چندشکل تک نوکلئوتیدی | ||
تحقیقات تولیدات دامی | ||
مقاله 9، دوره 4، شماره 3، آذر 1394، صفحه 93-104 اصل مقاله (322.28 K) | ||
نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
نویسندگان | ||
کریم کریمی1، 2؛ علی اسماعیلی زاده کشکوئیه* 3؛ مسعود اسدی فوزی4 | ||
1دانشجوی دکترای ژنتیک و اصلاح نژاد دام، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان | ||
2عضو انجمن پژوهشگران جوان، دانشگاه شهید باهنر کرمان | ||
3استاد گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان | ||
4دانشیار گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان | ||
چکیده | ||
این تحقیق با هدف بررسی ساختار ژنتیکی گاوهای بومی بر اساس استفاده از نشانگرهای چندشکل تکنوکلئوتیدی انجام شد. بدین منظور تعداد 90 راس گاو از نژادهای سرابی (20)، کردی (10)، مازندرانی (10)، تالشی (10)، سیستانی (10)، کرمانی (10)، نجدی (10) و توده بومی فارس (10) مورد نمونهبرداری قرار گرفتند. تعیین ژنوتیپ نمونهها با استفاده از چیپ Illumina High density Bovine BeadChip با تراکم 777962 جایگاه انجام شد. پس از حذف جایگاههای دارای عدم تعادل پیوستگی (جفت جایگاههای دارای r2 بالاتر از 2/0)، 64333 جایگاه SNP جهت آنالیزهای بعدی باقی ماندند. برنامه STRUCTURE جهت بررسی ساختار ژنتیکی گاوهای بومی کشور در این مجموعه داده به کار گرفته شد. تعداد جمعیتهای فرض شده در هر اجرا از دو تا هشت جمعیت در نظر گرفته شد. نتایج حاصل از این تحقیق نشان داد که در اولین سطح خوشهبندی (2K=)، جمعیتهای سرابی (6/97%) و کردی (3/94%) در خوشه مشترکی قرار گرفتهاند و نژاد سیستانی (92%) نیز خوشه متمایز دیگری را به خود اختصاص داده است، در حالیکه سایر نژادها آمیختهای از این دو خوشه بودند. تعداد سه خوشه (3K=) به بهترین شکل تعداد گروههای ژنتیکی موجود در مجموعه دادهها را توجیه کرد. وجود سه خوشه (3K=) در دادهها موجب قرار گرفتن نژاد کردی در یک خوشه مستقل شد. در این مطالعه تفاوتهای ژنتیکی گاوهای بومی ایران به خوبی به وسیله دادههای متراکم SNP شناسایی شدند. همچنین شباهتهای مربوط به توزیع جغرافیایی و خصوصیات تولیدی گاوها نیز با روابط ژنتیکی یافت شده در این مطالعه انطباق داشتند. | ||
کلیدواژهها | ||
استنباط بیزی؛ چندشکلی تک نوکلئوتیدی؛ ساختار ژنتیکی؛ گاوهای بومی ایران | ||
مراجع | ||
توکلیان ج. 1378. نگرشی بر ذخایر ژنتیکی دام و طیور بومی ایران. موسسه تحقیقات علوم دامی کشور، کرج، ص. 45-3. Bolormaa S., Pryce J. E., Hayes B. J. and Goddard M. E. 2010. Multivariate analysis of a genome-wide association study in dairy cattle. Journal of Dairy Science, 93: 3818-3833. Bovine HapMap C., Gibbs R. A., Taylor J. F., Van Tassell C. P., Barendse W., Eversole K. A., Gill C. A., Green R. D., Hamernik D. L., Kappes S. M., Lien S., Matukumalli L. K., McEwan J. C., Nazareth L. V., Schnabel R. D., Weinstock G. M., Wheeler D. A., Ajmone-Marsan P., Boettcher P. J., Caetano A. R., Garcia J. F., Hanotte O., Mariani P., Skow L. C., Sonstegard T. S., Williams J. L., Diallo B., Hailemariam L., Martinez M.L., Morris C. A., Silva L. O., Spelman R. J., Mulatu W., Zhao K., Abbey C. A., Agaba M., Araujo F. R., Bunch R. J., Burton J., Gorni C., Olivier H., Harrison B. E., Luff B., Machado M. A., Mwakaya J., Plastow G., Sim W., Smith T., Thomas M. B., Valentini A., Williams P., Womack J., Woolliams J. A., Liu Y., Qin X., Worley K. C., Gao C., Jiang H., Moore S. S., Ren Y, Song X. Z., Bustamante C. D., Hernandez R. D., Muzny D. M., Patil S., San Lucas A., Fu Q., Kent M. P., Vega R., Matukumalli A., McWilliam S., Sclep G., Bryc K., Choi J., Gao H., Grefenstette J. J., Murdoch B., Stella A., Villa-Angulo R., Wright M., Aerts J., Jann O., Negrini R., Goddard M. E., Hayes B. J., Bradley D. G., Barbosa da Silva M., Lau L. P., Liu G.E., Lynn D. J., Panzitta F. and Dodds K. G. 2009. Genome-wide survey of SNP variation uncovers the genetic structure of cattle breeds. Science, 324: 528-532. Corander J., Waldmann P. and Sillanpäa M. J. 2003. Bayesian analysis of genetic differentiation between populations. Genetics, 163: 367–374. Decker J. E., McKay S. D., Rolf M. M., Kim J., Molina Alcala A., Sonstegard T. S., Hanotte O., Gotherstrom A., Seabury C. M., Praharani L., Babar M. E., Correia de Almeida Regitano L., Yildiz M. A., Heaton M. P., Liu W. S., Lei C. Z., Reecy J. M., Saif-Ur-Rehman M., Schnabel R. D. and Taylor J. F. 2014. Worldwide patterns of ancestry, divergence, and admixture in domesticated cattle. PLoS Genetics, 10: e1004254. Edea Z., Dadi H., Kim S. W., Dessie T., Lee T., Kim H., Kim J. J. and Kim K. S. 2013. Genetic diversity, population structure and relationships in indigenous cattle populations of Ethiopia and Korean Hanwoo breeds using SNP markers. Frontiers in Genetics, 4: 1-9. Engelsma K. A., Veerkamp R. F., Calus M. P., Bijma P. and Windig J. J. 2012. Pedigree and marker-based methods in the estimation of genetic diversity in small groups of Holstein cattle. Journal of Animal Breeding and Genetics, 129: 195-205. Evanno G., Regnaut S. and Goudet J. 2005. Detecting the number of clusters of individuals using the software STRUCTURE: a simulation study. Molecular Ecology, 14: 2611-2620. FAO. 2007. The state of the world’s animal genetic resources for food and agriculture. In: Rischkowsky B, Pilling D (eds) United Nations Food and Agriculture Organization (FAO), Rome, Italy. Franzen J. 2008. Bayesian cluster analysis: some extensions to non-standard situations. Doctoral dissertation, Stockholm university, Stockholm. Goddard M. E. and Hayes B. J. 2007.Genomic selection. Journal of Animal Breeding and Genetics, 124: 323–330. Groeneveld L. F., Lenstra J. A., Eding H., Toro M. A. and Scherf B. 2010. Genetic diversity in farm animals-a review. Animal Genetics, 41: 6-31. Gray I. C., Campbell D. A. and Nigel K. 2000. Single nucleotide polymorphisms as tools in human genetics. Human Molecular Genetics, 16: 2403–2408. Helyar S. J., Hemmer-Hansen J., Bekkevold D., Taylor M. I., Ogden R., Limborg M. T., Cariani A., Maes G. E., Diopere E., Carvalho G. R. and Nielsen E. E. 2011. Application of SNPs for population genetics of nonmodel organisms: new opportunities and challenges. Molecular Ecology Resources, 11: 123-136. Herrero-Medrano J. M., Megens H., Groenen M. A. M., Ramis G., Bosse M., Pérez-Enciso M. and Crooijmans R. P. M. A. 2013 . Conservation genomic analysis of domestic and wild pig populations from the Iberian Peninsula. BMC Genetics, 14:106-120. Hoffmann I. 2010. Climate change and the characterization, breeding and conservation of animal genetic resources. Animal Genetics, 41: 32-46. Holsinger K. E. and Wallace L. E. 2004. Bayesian approaches for the analysis of population structure: an example from Platanthera leucophaea (Orchidaceae). Molecular Ecology, 13: 887-894. Lin B. Z., Sasazaki S. and Mannen H. 2010. Genetic diversity and structure in Bos taurus and Bos indicus populations analyzed by SNP markers. Animal Science Journal, 81: 281–289. McKay S. D., Schnabel R. D., Murdoch B. M., Matukumalli L. K., Aerts J., Coppieters W., Crews D., Dias Neto E., Gill C. A., Gao C., Mannen H., Stothard P., Wang Z., Van Tassell C. P., Williams J. L., Taylor J. F. and Moore S. S. 2007. Whole genome linkage disequilibrium maps in cattle. BMC Genetics, 8: 74. McKay S. D., Schnabel R. D., Murdoch B. M., Matukumalli L. K., Aerts J., Coppieters W., Crews D., Dias Neto E., Gill C. A., Gao C., Mannen H., Wang Z., Van Tassell C. P., Williams J. L., Taylor J. F. and Moore S. S. 2008. An assessment of population structure in eight breeds of cattle using a whole genome SNP panel. BMC Genetics, 9: 37. Mustafa H., Heather H. J., EuiSoo K., Ahmad N., Ali A., Ahmad Khan W., Naseer Pasha T., Farooq M. Z., Javed K., Ajmal A. and Sonstegard T. S. 2014. Comparative analysis of genome wide difference in Red Sindhi and Holstein cattle breeds using dense SNP marker. International Journal of Advanced Research, 2: 300-304. Pertoldi C., Tokarska M., Wójcik J. M., Kawałko A., Randi E., Kristensen T. N., Loeschcke V., Coltman D., Wilson G. A., Gregersen V. R. and Bendixen C. 2010. Phylogenetic relationships among the European and American bison and seven cattle breeds reconstructed using the BovineSNP50 Illumina Genotyping BeadChip. Acta Theriologica, 55: 97-108. Petersen J. L., Mickelson J. R., Cothran E. G., Andersson L. S., Axelsson J., Bailey E. and Bannasch D. 2013. Genetic diversity in the modern horse illustrated from genome-wide SNP data. Plos One, 8: 1-15. Pritchard J. K., Stephens M. and Donnelly P. 2000. Inference of population structure using multi locus genotype data. Genetics, 155: 945–959. Purcell S., Neale B., Todd-Brown K., Thomas L., Ferreira M. A., Bender D., Maller J., Sklar P., de Bakker P. I., Daly M. J. and Sham P. C. 2007. PLINK: a tool set for whole-genome association and population-based linkage analyses. American Journal of Human Genetics, 81: 559-575. Sethuraman A. 2013. On inferring and interpreting genetic population structure - applications to conservation, and the estimation of pairwise genetic relatedness. Ph.D. dissertation, Iowa State University, Iowa State. Symons M. J. 1981. Clustering criteria and multivariate normal mixtures. Biometrics, 37 :35-43. Vonholdt B. M., Pollinger J. P., Lohmueller K. E., Han E., Parker H. G., Quignon P., Degenhardt J. D., Boyko A. R., Earl D. A., Auton A., Reynolds A., Bryc K., Brisbin A., Knowles J. C., Mosher D. S., Spady T. C., Elkahloun A., Geffen E., Pilot M., Jedrzejewski W., Greco C., Randi E., Bannasch D., Wilton A., Shearman J., Musiani M., Cargill M., Jones P. G., Qian Z., Huang W., Ding Z. L., Zhang Y. P., Bustamante C. D., Ostrander E. A., Novembre J. and Wayne R. K. 2010. Genome-wide SNP and haplotype analyses reveal a rich history underlying dog domestication. Nature, 464: 898-902. | ||
آمار تعداد مشاهده مقاله: 2,442 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 1,675 |