| تعداد نشریات | 32 |
| تعداد شمارهها | 848 |
| تعداد مقالات | 8,218 |
| تعداد مشاهده مقاله | 52,501,198 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 8,947,095 |
تحلیل پیشبینی تعاملاتmiRNA با ژنهای ریبوزومی RPS28 و RPL31 و نقش آنها در پاسخ ایمنی ماکیان به عفونت ویروس آنفلوآنزا | ||
| تحقیقات تولیدات دامی | ||
| دوره 15، شماره 1، فروردین 1405، صفحه 25-43 اصل مقاله (1017.71 K) | ||
| نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22124/ar.2025.31279.1912 | ||
| نویسندگان | ||
| جواد شیرانی شمسآبادی* 1؛ مصطفی قادری زفرهای2 | ||
| 1گروه علوم دامی، دانشکده کشاروزی، دانشگاه صنعتی اصفهان | ||
| 2گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه یاسوج | ||
| چکیده | ||
| ریزRNAها (miRNAها) مولکولهای RNA کوچک نارمزگر هستند که با طول تقریبی برابر با 18 تا 25 نوکلئوتید از راه جفت شدن با توالیهای مکمل در mRNA هدف، پایداری آن و ترجمه ژنها را در سطح پسارونویسی تنظیم میکنند. این مولکولها، نقش مهمی در فرآیندهای زیستی گوناگون از جمله رشد، تمایز سلولی، سوخت و ساز، مرگ برنامهریزیشده سلول و همچنین، بیماریهای گوناگونی همچون سرطان و بیماریهای عفونی دارند. در ماکیان، miRNAها نهتنها در رشد و سوخت و ساز بلکه بهویژه در تنظیم پاسخ ایمنی و مقاومت در برابر عوامل بیماریزایی مانند ویروس آنفلوآنزا تأثیرگذارند، بهطوری که تغییرات بیان آنها میتواند بهعنوان بخشی از سازوکار دفاعی میزبان عمل کند یا بهوسیله ویروس برای تسهیل فرآیند عفونت دستکاری شود. هدف این تحقیق، شناسایی و تحلیل miRNAهای کلیدی مرتبط با پاسخ ایمنی طیور به عفونت آنفلوآنزا و همچنین، بررسی تعامل آنها با دو ژن اساسی ریبوزومی، RPS28 و RPL31، بود. این دو ژن از یک پژوهش دیگر استخراج شده بودند که دادههای ریزآرایه DNA مربوط به عفونت آنفلوآنزای ماکیان (GSE96837) را از پایگاه GEO/NCBI بهدست آورده و با استفاده از تحلیل شبکه همبیانی ژنها، شناسایی کرده بودند. سپس، تعاملات miRNA–mRNA با استفاده از ابزار جامع tools4miRs.org و با چندین الگوریتم مختلف (شامل TargetSpy، Miranda و RNAhybrid ) پیشبینی شد. نتایج نشان داد miRNAهایی چون gga-mir-214، gga-mir-194، gga-mir-7477-5p و gga-mir-6642-3p با توجه به تعداد جایگاههای اتصال و تأیید چندین ابزار مستقل، از پتانسیل بالایی در تنظیم مسیرهای مرتبط با آپوپتوز، تنظیم سیتوکاینها و کنترل ایمنی ضدویروسی برخوردار هستند. | ||
| کلیدواژهها | ||
| پاسخ ایمنی؛ ریزRNAها؛ ژنهای ریبوزومی؛ ماکیان؛ ویروس آنفلوآنزا | ||
| مراجع | ||
|
Beier, R. C., Byrd, J. A., Andrews, K., Caldwell, D., Crippen, T. L., Anderson, R. C., & Nisbet, D. J. (2021). Disinfectant and antimicrobial susceptibility studies of the foodborne pathogen Campylobacter jejuni isolated from the litter of broiler chicken houses. Poultry Science, 100(2), 1024-1033. doi: 10.1016/j.psj.2020.11.048 Benjamin, E. J., Virani, S. S., Callaway, C. W., Chamberlain, A. M., Chang, A. R., Cheng, S., … & Deo, R. (2018). Heart disease and stroke statistics—2018 update: a report from the American Heart Association. Circulation, 137(12), e67-e492. doi; 10.1161/CIR.0000000000000558 Chen, Y., & Wang, X. (2020). miRDB: an online database for prediction of functional microRNA targets. Nucleic Acids Research, 48(D1), D127-D131. doi: 10.1093/nar/gkz757 Clemmons, E. A., Alfson, K. J., & Dutton III, J. W. (2021). Transboundary animal diseases, an overview of 17 diseases with potential for global spread and serious consequences. Animals, 11(7), 2039. doi: 10.3390/ani11072039 Cui, S., Yu, S., Huang, H.-Y., Lin, Y.-C.-D., Huang, Y., Zhang, B., … & Li, Z. (2025). miRTarBase 2025: updates to the collection of experimentally validated microRNA–target interactions. Nucleic Acids Research, 53(D1), D147-D156. doi: 10.1093/nar/gkad875 Cullen, B. R. (2004). Derivation and function of small interfering RNAs and microRNAs. Virus Research, 102(1), 3-9. Doi: 10.1016/j.virusres.2004.01.009 Dunislawska, A., Pietrzak, E., Wishna Kadawarage, R., & Siwek, M. (2023). MicroRNA expression in immune tissues of adult chickens after embryo stimulation with bioactive substances. Scientific Reports, 13(1), 3076. doi: 10.1038/s41598-023-30299-3 Etebari, K., Filipović, I., Rašić, G., Devine, G. J., Tsatsia, H., & Furlong, M. J. (2020). Complete genome sequence of Oryctes rhinoceros nudivirus isolated from the coconut rhinoceros beetle in Solomon Islands. Virus Research, 278, 197864. doi: 10.1016/j.virusres.2020.197864 Gizaw, F., Merera, O., Zeru, F., Bedada, H., Gebru, M.-u., & Abdi, R. (2018). Sero-prevalence and socioeconomic impacts of peste des petits ruminants in small ruminants of selected districts of Afar, Ethiopia. Journal of Veterinary Science and Technology, 9(1), 513. doi: 10.4172/2157-7579.1000513 Hoagland, M. B., Stephenson, M. L., Scott, J. F., Hecht, L. I., & Zamecnik, P. C. (1958). A soluble ribonucleic acid intermediate in protein synthesis. Journal of biological Chemistry, 231(1), 241-257. doi: 10.1016/S0021-9258(19)77302-5 Hong, Y., Truong, A. D., Lee, J., Vu, T. H., Lee, S., Song, K.-D., … & Hong, Y. H. (2021). Exosomal miRNA profiling from H5N1 avian influenza virus-infected chickens. Veterinary Research, 52(1), 36. doi: 10.1186/s13567-021-00892-3 Kang, J., Brajanovski, N., Chan, K. T., Xuan, J., Pearson, R. B., & Sanij, E. (2021). Ribosomal proteins and human diseases: molecular mechanisms and targeted therapy. Signal Transduction and Targeted Therapy, 6(1), 323. doi: 10.1038/s41392-021-00728-8 Khajuria, R. K., Munschauer, M., Ulirsch, J. C., Fiorini, C., Ludwig, L. S., McFarland, S. K., … & Mani, D. R. (2018). Ribosome levels selectively regulate translation and lineage commitment in human hematopoiesis. Cell, 173(1), 90-103. e119. doi: 10.1016/j.cell.2018.02.036 Khanna, P., Chua, P. J., Bay, B. H., & Baeg, G. H. (2015). The JAK/STAT signaling cascade in gastric carcinoma. International Journal of Oncology, 47(5), 1617-1626. doi: 10.3892/ijo.2015.3160 Lagos-Quintana, M., Rauhut, R., Lendeckel, W., & Tuschl, T. (2001). Identification of novel genes coding for small expressed RNAs. Science, 294(5543), 853-858. doi: 10.1126/science.1064921 Lau, N. C., Lim, L. P., Weinstein, E. G., & Bartel, D. P. (2001). An abundant class of tiny RNAs with probable regulatory roles in Caenorhabditis elegans. Science, 294(5543), 858-862. doi: 10.1126/science.1065062 Lee, R. C., & Ambros, V. (2001). An extensive class of small RNAs in Caenorhabditis elegans. Science, 294(5543), 862-864. doi: 10.1126/science.1065329 Lee, S., Kang, S., Heo, J., Hong, Y., Vu, T. H., Truong, A. D., … & Hong, Y. H. (2023). MicroRNA expression profiling in the lungs of genetically different Ri chicken lines against the highly pathogenic avian influenza H5N1 virus. Journal of Animal Science and Technology, 65(4), 838. doi:10.5187/jast.2022.e127 Lerner, M. R., Boyle, J. A., Mount, S. M., Wolin, S. L., & Steitz, J. A. (1980). Are snRNPs involved in splicing? Nature, 283(5743), 220-224. doi: 10.1038/283220a0 Li, P., & Huang, D. (2024). Targeting the JAK-STAT pathway in colorectal cancer: mechanisms, clinical implications, and therapeutic potential. Frontiers in Cell and Developmental Biology, 12, 1507621. doi: 10.3389/fcell.2024.1507621 Li, S. (2019). Regulation of ribosomal proteins on viral infection. Cells, 8(5), 508. doi: 10.3390/cells8050508 Li, Z., Chen, B., Feng, M., Ouyang, H., Zheng, M., Ye, Q., … & Zhang, X. (2015). MicroRNA-23b promotes avian leukosis virus subgroup J (ALV-J) replication by targeting IRF1. Scientific Reports, 5(1), 10294. doi: 10.1038/srep10294 Lopez-Herrera, G., Tampella, G., Pan-Hammarström, Q., Herholz, P., Trujillo-Vargas, C. M., Phadwal, K., … & Mory, A. (2012). Deleterious mutations in LRBA are associated with a syndrome of immune deficiency and autoimmunity. The American Journal of Human Genetics, 90(6), 986-1001. doi:10.1016/j.ajhg.2012.04.015 Lukasik, A., Wójcikowski, M., & Zielenkiewicz, P. (2016). Tools4miRs–one place to gather all the tools for miRNA analysis. Bioinformatics, 32(17), 2722-2724. doi: 10.1093/bioinformatics/btw189 Malekshahdehi, S., Hafezian, S. H., Rahimi-Mianji, G., & Hasanpur, K. (2021). Investigation of gender differences in the incidence of ascites and profile of gene expression in kidney tissue of broiler chickens. Animal Production Research, 10(3), 33-44. doi: 10.22124/ar.2021.17794.1563 Mani, A., Kushwaha, K., Khurana, N., & Gupta, J. (2022). p‐Coumaric acid attenuates high‐fat diet‐induced oxidative stress and nephropathy in diabetic rats. Journal of Animal Physiology and Animal Nutrition, 106(4), 872-880. doi: 10.1111/jpn.13645 Maurya, R., Shamim, U., Mishra, P., Swaminathan, A., Raina, A., Tarai, B., … & Pandey, R. (2023). Intertwined dysregulation of ribosomal proteins and immune response delineates SARS-CoV-2 vaccination breakthroughs. Microbiology Spectrum, 11(3), e04292-04222. doi: 10.1128/spectrum.04292-22 Narla, A., & Ebert, B. L. (2010). Ribosomopathies: human disorders of ribosome dysfunction. Blood, The Journal of the American Society of Hematology, 115(16), 3196-3205. doi: 10.1182/blood-2009-10-178129 O’Dowd, K., Emam, M., El Khili, M. R., Emad, A., Ibeagha-Awemu, E. M., Gagnon, C. A., & Barjesteh, N. (2020). Distinct miRNA profile of cellular and extracellular vesicles released from chicken tracheal cells following avian influenza virus infection. Vaccines, 8(3), 438. doi: 10.3390/vaccines8030438 Ojo, O., Hajek, L., Johanns, S., Pacífico, C., Sener-Aydemir, A., Ricci, S., … & Zebeli, Q. (2023). Evaluation of circulating microRNA profiles in blood as potential candidate biomarkers in a subacute ruminal acidosis cow model-a pilot study. BMC Genomics, 24(1), 333. doi: 10.1186/s12864-023-09433-y Parvin, R., Nooruzzaman, M., Kabiraj, C. K., Begum, J. A., Chowdhury, E. H., Islam, M. R., & Harder, T. (2020). Controlling avian influenza virus in Bangladesh: challenges and recommendations. Viruses, 12(7), 751. doi: 10.3390/v12070751 Pasick, J., Diederich, S., Berhane, Y., Embury-Hyatt, C., & Xu, W. (2017). Imbalance between innate antiviral and pro-inflammatory immune responses may contribute to different outcomes involving low-and highly pathogenic avian influenza H5N3 infections in chickens. Journal of General Virology, 98(6), 1245-1258. doi: 10.1099/jgv.0.000801 Paul, M. C., Vergne, T., Mulatti, P., Tiensin, T., & Iglesias, I. (2019). Epidemiology of avian influenza viruses. Frontiers in Veterinary Science, 6, 150. doi: 10.3389/fvets.2019.00150 Saka, Ö., McGuire, A., & Wolfe, C. (2009). Cost of stroke in the United Kingdom. Age and Ageing, 38(1), 27-32. doi: 10.1093/ageing/afn281 Shi, X., Wang, X., Li, Z., Zhu, Q., Tang, W., Ge, S., & Luo, J. (2006). Nucleotide substitution pattern in rice paralogues: implication for negative correlation between the synonymous substitution rate and codon usage bias. Gene, 376(2), 199-206. doi: 10.1016/j.gene.2006.03.003 Siekevitz, P., & Zamecnik, P. C. (1981). Ribosomes and protein synthesis. The Journal of Cell Biology, 91(3), 53. doi: 10.1083/jcb.91.3.53s Sikorska, M., Siwek, M., Slawinska, A., & Dunislawska, A. (2021). miRNA profiling in the chicken liver under the influence of early microbiota stimulation with probiotic, prebiotic, and synbiotic. Genes, 12(5), 685. doi: 10.3390/genes12050685 Sims, L. D. (2007). Lessons learned from Asian H5N1 outbreak control. Avian Diseases, 51(s1), 174-181. doi: 10.1637/7637-042806R.1 Smith, D. J., Konarska, M. M., & Query, C. C. (2009). Insights into branch nucleophile positioning and activation from an orthogonal pre-mRNA splicing system in yeast. Molecular Cell, 34(3), 333-343. doi: 10.1016/j.molcel.2009.03.012 Tiku, V., Jain, C., Raz, Y., Nakamura, S., Heestand, B., Liu, W., … & Slagboom, P. E. (2017). Small nucleoli are a cellular hallmark of longevity. Nature Communications, 8(1), 16083. doi: 10.1038/ncomms16083 Wang, Q., Ji, X., Gao, Y., Qi, X., Wang, X., Wang, Y., … & Wang, X. (2013). Overexpression of microRNA gga-miR-1650 decreases the replication of avian leukosis virus subgroup J in infected cells. Journal of General Virology, 94(10), 2287-2296. doi: 10.1099/vir.0.054007-0 Wang, Y. (2020). Research progress on microRNAs involved in the regulation of chicken diseases. The Journal of Poultry Science, 57(1), 7-17.Doi: 10.2141/jpsa.0190073. Wu, F., Liu, Y., Hu, S., & Lu, C. (2023). Ribosomal protein L31 (RPL31) inhibits the proliferation and migration of gastric cancer cells. Heliyon, 9(2). doi: 10.1016/j.heliyon.2023.e13076 Yang, L., Shi, P., Zhao, G., Xu, J., Peng, W., Zhang, J., … & Chen, F. (2020). Targeting cancer stem cell pathways for cancer therapy. Signal Transduction and Targeted Therapy, 5(1), 8. doi: 10.1038/s41392-020-0110-5 | ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 124 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 9 |
||