| تعداد نشریات | 32 |
| تعداد شمارهها | 832 |
| تعداد مقالات | 8,024 |
| تعداد مشاهده مقاله | 46,537,016 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 8,613,769 |
مطالعه شباهت های ژنتیکی و تجزیه و تحلیل تبارشناختی شترهای تک کوهانه و دوکوهانه ایرانی با هفت گونه اصلی موجود در خانواده شترسانان بر اساس ژنوم میتوکندریایی | ||
| تحقیقات تولیدات دامی | ||
| دوره 14، شماره 3، آذر 1404، صفحه 1-21 اصل مقاله (3.6 M) | ||
| نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22124/ar.2025.30642.1895 | ||
| نویسندگان | ||
| مصطفی هاشمی1؛ احمد احمدی* 1؛ پویا زمانی1؛ محمد حسین فردوسی2؛ رامین عبدلی* 3 | ||
| 1گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه بوعلی سینا | ||
| 2واحد ژنتیک و اصلاح نژاد حیوانات (AGBU)، دانشگاه نیوانگلند، آرمیدال، استرالیا | ||
| 3مرکز تحقیقات ابریشم کشور، سازمان تحقیقات آموزش و ترویج کشاورزی (AREEO)، گیلان، ایران | ||
| چکیده | ||
| توالیهای ژنوم کامل میتوکندریایی هفت گونه اصلی شترسانان شامل Vicugna vicugna، Lama guanicoe، Vicugna pacos، Lama glama، Camelus ferus، Camelus dromedarius، Camelus bactrianus، چهار شتر تک کوهانه و شش شتر دوکوهانه ایرانی همراه با توالیهای ۱۳ ژن رمزگر (PCGs) بهازای هر ژنوم از سایت NCBI استخراج شدند. همچنین، مجموعهای از 3100 چندشکلی تک نوکلئوتیدی (SNP) از توالیهای کامل گونههای مورد بررسی تهیه شد که پس از فیلتراسیون، برای ساخت ماتریس روابط ژنومی مورد استفاده قرار گرفتند. نتایج ترسیم درختهای تبارشناختی بر اساس توالیهای کامل، دو خوشه اصلی همراه با چند زیر خوشه را نشان داد، بهشکلی که گونههای Vicugna vicugna، Lama guanicoe، Vicugna pacos، Lama glama و Camelus ferus، یک شاخه اصلی و باقی گونههای تک کوهانه (Camelus dromedarius) و دوکوهانه (Camelus bactrianus) همراه با Camelus ferus، یک زیر شاخه اصلی دیگر با چند زیر شاخه تشکیل دادند. درصد تشابه ژنتیکی بین هفت گونه اصلی و گونههای ایرانی بین 4/82 تا 100 درصد متغیر بود. توالیهای نوکلئوتیدی و آمینواسیدی ژنهای رمزگر، خوشهبندی مشابه با توالیهای کامل نشان دادند. ژن ATP8، بیشترین و ژن COX1، کمترین تنوع ژنتیکی را داشتند. ترسیم نقشه حرارتی و نمودار PCA مبتنی بر دادههای SNP و نمودار سطحی شباهتهای نوکلئوتیدی، نتایج مشابهی داشت. یافتههای این مطالعه نشان داد که مقایسه توالیهای ژنوم میتوکندریایی میتواند گونههای اصلی خانواده شترسانان را بهصورت قوی طبقهبندی کند و روابط تکاملی آنها را روشن سازد. این تحقیق، بینشهای ارزشمندی برای مطالعات آینده در زمینه ژنتیک و تکامل شترسانان فراهم میکند. | ||
| کلیدواژهها | ||
| چندشکلی تک نوکلئوتیدی؛ درخت تبارشناختی؛ ژن؛ ژنوم میتوکندریایی؛ شتر | ||
| مراجع | ||
|
Abbassi-Daloii, T., Sekhavati, M. H., & Tahmoorespur, M. (2016). Bioinformatics and phylogenetic analysis of mitochondrial COX3 gene in Iranian Camelus dromedaries and Camelus bactrianus. Iranian Journal of Animal Science Research, 8(2), 361-369. doi: 10.22067/ijasr.v8i2.36720 [In Persian] Abdoli, R., Mazumder, T. H., Nematollahian, S., Sourati Zanjani, R., Abdolahi Mesbah, R., & Uddin, A. (2022). Gaining insights into the compositional constraints and molecular phylogeny of five silkworms’ mitochondrial genome. International Journal of Biological Macromolecules, 206, 543-552. doi: 10.1016/j.ijbiomac.2022.02.135 Abdoli, R., Zamani, P., & Ghasemi, M. (2018). Genetic similarities and phylogenetic analysis of human and farm animal species based on mitogenomic nucleotide sequences. Meta Gene, 15, 23-26. doi: 10.1016/j.mgene.2017.10.004 Ahmad, S., Yaqoob, M., Hashmi, N., Ahmad, S., Zaman, M. A., & Tariq, M. (2010). Economic importance of camel: Unique alternative under crisis. Pakistan Veterinary Journal, 30(4), 191-197. Alaqeely, R., Alhajeri, B. H., Almathen, F., & Alhaddad, H. (2021). Mitochondrial sequence variation, haplotype diversity, and relationships among dromedary camel-types. Frontiers in Genetics, 12, 723964. doi: 10.3389/fgene.2021.723964 Arefnejad, B., Zeinalabedini, M., Talebi, R., Mardi, M., Ghaffari, M. R., Vahidi, M. F., Nekouei, M. K., Szmatoła, T., & Salekdeh, G. H. (2024). Unveiling the population genetic structure of Iranian horses breeds by whole-genome resequencing analysis. Mammalian Genome, 35(2), 201-227. doi: 10.1007/s00335-024-10035-6 Azghandi, M., & Tahmoores-Pour, M. (2015). Genetic and phylogenetic analysis of D-Loop region in camelus dromedaries and camelus bactrianus of Iran. Journal of Ruminant Research, 3(2), 93-110. doi: 20.1001.1.23454253.1394.3.2.6.3 [In Persian] Behura, S. K. (2015). Insect phylogenomics. Insect Molecular Biology, 24, 403-411. doi: 10.1111/imb.12174 Burland, T. (1999). DNASTAR's Lasergene sequence analysis software. Methods in Molecular Biology, 132, 71-91. doi: 10.1385/1-59259-192-2:71 Chial, H., & Craig, J. (2008). mtDNA and mitochondrial diseases. Nature Education, 1, 217. Cui, P., Ji, R., Ding, F., Qi, D., Gao, H., Meng, H., Yu, J., Hu, S., & Zhang, H. (2007). A complete mitochondrial genome sequence of the wild two-humped camel (Camelus bactrianus ferus): an evolutionary history of camelidae. BMC genomics, 8, 1-10. doi: 10.1186/1471-2164-8-241 FAO. (2014). Food and Agriculture Organization of the United Nations (FAO), Rome, Italy. Guo, Y., Liu, H., Feng, J., Li, J., Ye, Y., Guo, B., & Qu, C. (2021). Characterization of the complete mitochondrial genomes of two species of Penaeidae (Decapoda: Dendrobranchiata) and the phylogenetic implications for Penaeoidea. Genomics, 113(1), 1054-1063. doi: 10.1016/j.ygeno.2020.11.001 Jamshidi, S., & Abdoli, R. (2023). Percent identity and phylogenetic relationships of Caspian Sea sturgeon species based on mitochondrial genome sequences. Journal of Fisheries, 76(3), 341-355. doi: 10.22059/jfisheries.2023.358558.1384 [In Persian] Lenstra, J., Groeneveld, L. F., Eding, H., Kantanen, J., Williams, J., Taberlet, P., Nicolazzi, E., Sölkner, J., Simianer, H., & Ciani, E. (2012). Molecular tools and analytical approaches for the characterization of farm animal genetic diversity. Animal Genetics, 43, 483-502. doi: 10.1111/j.1365-2052.2011.02309.x Ludwig, A., Alderson, L., Fandrey, E., Lieckfeldt, D., Soederlund, T., & Froelich, K. (2013). Tracing the genetic roots of the indigenous White Park Cattle. Animal Genetics, 44, 383-386. doi: 10.1111/age.12026 Manee, M. M., Alshehri, A. M., Binghadir, A. S., Aldhafer, H. S., Alswailem, M. R., Algarni, T. A., Al-Shomrani, M. B., & Al-Fageeh, B. M. (2019). Comparative analysis of camelid mitochondrial genomes. National Library of Medicine, 98, 1-12. doi: 10.1007/s12041-019-1134-x Mohamadipoor Saadatabadi, L., Mohammadabadi, M., Ghanatsaman, Z. A., Babenko, O., Stavetska, R. V., Kalashnik, O. M., Afanasenko, V., Kochuk-Yashchenko, O. A., Kucher, D. M., & Nanaei, H. A. (2023). Data of whole-genome sequencing of Karakul, Zel, and Kermani sheep breeds. BMC Research Notes, 16(1), 353. doi: 10.1186/s13104-023-06630-6 Moore, W. S. (1995). Inferring phylogenies from mtDNA variation: mitochondrial‐gene trees versus nuclear‐gene trees. Evolution, 49(4), 718-726. doi: 10.1111/j.1558-5646.1995.tb02308.x Nobari, K., Bahari, A., & Gazanfari, S. (2022a). Molecular diversity and phylogenetic analysis of Turkmen camel and different species of camels based on CYTB gene sequence. Iranian Journal of Animal Science Research, 14(3), 447-457. doi: 10.22067/ijasr.2021.69937.1017 [In Persian] Nobari, K., Yuosefi, K., & Kamali, R. (2022b). Comparison of ATP6 gene sequence of Iranian Turkmen camel, one-humped and two-humped domestic and wild species. Breeding and Improvement of Livestock, 2(3), 31-44. doi: 10.22034/bilj.2022.337591.1017 [In Persian] Paradis, E., & Schliep, K. (2019). “ape 5.0: an environment for modern phylogenetics and evolutionary analyses in R.” Bioinformatics, 35, 526-528. doi: 10.1093/bioinformatics/bty633 Parsa Yeganeh, L., Sadeghi, M., Azarbaijani, R., Daneshvar Amoli, A., Mohamadi Moghanjoghi, S., Farzaneh, P., Shahzdeh Fazeli, S. A., & Khaledi, H. (2020). Identification and record of DNA barcode of Iranian Bactrian camel (Camelus bactrianus). Developmental Biology, 12(3), 11-20. Pasandideh, R., & Abdoli, R. (2024). Study of genetic similarities and phylogenetic relationships of 10 Penaeidae shrimp species based on the sequences of the mitochondrial genome. Aquatic Physiology and Biotechnology, 11(4), 49-81. doi: 10.22124/japb.2023.24411.1494 [In Persian] Pramod, R. K., Velayutham, D., P. K., S., P. S., B., Zachariah, A., Zachariah, A., … Thomas, G. (2018). The complete mitochondrial genome of Indian cattle (Bos indicus). Mitochondrial DNA Part B, 3(1), 207-208. doi: 10.1080/23802359.2018.1437836 Rabiei, F., Abdoli, R., Rafeie, F., & Ghavi Hossein-Zadeh, N. (2022). Genetic similarities and phylogenetic analysis of wild and domesticated species of sheep based on mitochondrial genome. Animal Production Research, 11(3), 1-13. doi: 10.22124/ar.2022.22429.1709 [In Persian] Roy, S. S., Dasgupta, R., & Bagchi, A. (2014). A review on phylogenetic analysis: a journey through modern era. Computational Molecular Bioscience, 4(3), 39-45. doi: 10.4236/cmb.2014.43005 Salehi, M., & Gharahdaghi, A. A. (2013). Camel production potential and recent research in Iran. Available at: http://agris.fao.org/agris-search. Latest accessed at: 27 November 2025 Shahabi, A., & Tahmoures-Pour, M. (2015). Bioinformatics and phylogenetic analysis of NADH3 and NADH4L mitochondrial genes in Iranian Camelus bactrianus. Agricultural Biotechnology Journal, 7(3), 163-174. doi: 10.22103/jab.2015.1139 [In Persian] Talebi, R., Afraz, F. A., Mirhosseini, S. Z., Asadi, N., & Delirsefat, S. B. (2014a). Assessment and Genetic Characterization of Iranian Two-Humped Camel Using New World Camelidae Microsatellite Primers. Agricultural Biotechnology, 5(1), 59-65 [In Persian] Talebi, R., Ahmadi, A., Afraz, F., & Mirhoseini, S. Z. (2014b). In Silico analysis of cytochrome P-450 between the human and camel for resistivity to hypertension and environmental toxins. Genetics in the Third Millennium, 1, 3386-3399 [In Persian] Tamura, K., Stecher, G. & Kumar, S. (2021). MEGA11: molecular evolutionary genetics analysis version 11. Molecular biology and evolution, 38, 3022-3027. doi: 10.1093/molbev/msab120 Thompson, J. D., Higgins, D. G., & Gibson, T. J. (1994). CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position specific gap penalties and weight matrix choice. Nucleic Acids Research, 22, 4673-4680. doi: 10.1093/nar/22.22.4673 Torabi, A., & Roudbari, Z. (2020). Phylogeny of Iranian Bactrian and Bactrian camels based on 16S rRNA gene sequences. Journal of Animal Environment, 12(4), 41-49. doi: 10.22034/AEJ.2020.122277 [In Persian] VanRaden, P. M. (2008). Efficient methods to compute genomic predictions. Journal of Dairy Science, 91, 4414-4423. doi: 10.3168/jds.2007-0980 Wickham, H. (2016). ggplot2: Elegant Graphics for Data Analysis. Springer-Verlag, New York, USA. Yang, Z., & Rannala, B. (2012). Molecular phylogenetics: principles and practice. Nature Reviews Genetics, 13, 303-314. doi: 10.1038/nrg3186 Yi, L., Ai, Y., Ming, L., Hai, L., He, J., Guo, F. C., Qiao, X. Y., & Ji, R (2017). Molecular diversity and phylogenetic analysis of domestic and wild Bactrian camel populations based on the mitochondrial ATP8 and ATP6 genes. Livestock Science, 199, 95-100. doi: 10.1016/j.livsci.2017.03.015 | ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 281 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 104 |
||