
تعداد نشریات | 31 |
تعداد شمارهها | 792 |
تعداد مقالات | 7,554 |
تعداد مشاهده مقاله | 24,670,774 |
تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 7,582,983 |
تجزیه و تحلیل مقایسه ای شبکههای همبیان ژنی خانواده دی آسیل گلیسرول آسیل ترانسفراز (DGAT) در گاو و انسان | ||
تحقیقات تولیدات دامی | ||
دوره 14، شماره 1، اردیبهشت 1404، صفحه 19-37 اصل مقاله (4.04 M) | ||
نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
شناسه دیجیتال (DOI): 10.22124/ar.2025.29572.1879 | ||
نویسندگان | ||
عفت نصر اصفهانی1؛ سعید انصاری مهیاری* 2؛ مصطفی قادری زفره ئی* 3 | ||
1گروه کشاورزی، دانشگاه پیام نور، تهران، ایران | ||
2گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه صنعتی اصفهان | ||
3گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه یاسوج | ||
چکیده | ||
شناسایی ژنهای هاب مرتبط با خانواده ژنهای دی آسیل گلیسرول آسیل ترانسفراز (DGAT) در گاوهای شیری برای درک زیستسامانه تولید شیر حیاتی است، زیرا این ژنها مستقیماً بر میزان چربی شیر و کیفیت اسیدهای چرب تأثیر میگذارند. این پژوهش با هدف شناسایی ژنها و ماژولهای ژنی مرتبط با خانواده DGAT و ورم پستان در گاو انجام شد. بهعبارتی دیگر، پژوهش حاضر با هدف شناسایی ژنهای هاب مرتبط با خانواده DGAT در انسان و بررسی پتانسیل آنها بهعنوان ژنهای مرتبط با ورم پستان در گاو انجام شد. هدف اصلی، شناسایی ژنهای کلیدی در سوخت و ساز چربی بود که ممکن است در شبکههای ژنی مرتبط با ورم پستان نیز نقش داشته باشند. در این راستا، بهدلیل محدودیت دادههای بیان ژنی مرتبط با DGAT در گاو، از دادههای بیان ژنی گونه انسان (GSE51874) و گاو (GSE24560) استفاده شد. پس از پیشپردازش دادهها، ژنهای متفاوت بیان شده (DEGs) استخراج و با استفاده از روشهای خوشهبندی، تحلیل مؤلفههای اصلی (PCA) و شبکهسازی همبیانی (WGCNA) تحلیل شدند. غنیسازی زیستی با ابزار Enrichr انجام شد. در دادههای انسان، ژنهای DGAT1، DGAT2L6 و MOGAT1 بهعنوان ژنهای هاب شناسایی شدند، در حالی که در دادههای گاو، IL1B و CXCL6 بهعنوان ژنهای هاب برجسته شدند. تجزیه و تحلیل هستیشناسی ژنها نشاندهنده ارتباط قوی با سوخت و ساز لیپید، بهویژه در ساخت و سوخت و ساز آسیلگلیسرولها و تریگلیسیریدها بود. فرآیندهای زیستی غنی شده شامل بیوسنتز آسیلگلیسرول (GO:0046463)، مونوآسیلگلیسرول (GO:0006640) و تریگلیسیرید (GO:0019432) بودند. با این حال، هیچ شواهد قاطعی مبنی بر اینکه ژنهای DGAT انسانی مستقیماً در ایجاد یا پیشرفت ورم پستان در گاو نقش دارند، یافت نشد. نتایج این پژوهش میتواند به شناسایی ژنهای کاندید جدید برای بررسی بیشتر در زمینه ورم پستان در گاو کمک کند. این پژوهش، بینشهایی در مورد شبکههای ژنتیکی تنظیمکننده تولید شیر و ورم پستان ارائه میدهد و میتواند به توسعه راهبردهای پرورشی هدفمند کمک کند. | ||
کلیدواژهها | ||
بیان ژن؛ دی آسیل گلیسرول آسیل ترانسفراز؛ ژنوم گاو؛ ژنهای هاب؛ شبکه ژنی | ||
سایر فایل های مرتبط با مقاله
|
||
مراجع | ||
Barabási, A.-L., & Oltvai, Z. N. (2004). Network biology: Understanding the cell's functional organization. Nature Reviews Genetics, 5(2), 101-113. doi: 10.1038/nrg1272 Bouwman, A., Bovenhuis, H., Visker, M., & van Arendonk, J. (2014). Fine mapping of a quantitative trait locus for bovine milk fat composition on Bos taurus autosome 19. Journal of Dairy Science, 97(2), 1139-1149. doi: 10.3168/jds.2013-7197 Carvajal, A., Huircán, P., & Manríquez, J. (2016). Milk fatty acid profile is modulated by DGAT1 and SCD1 genotypes in dairy cattle on pasture and strategic supplementation. Genetics and Molecular Research, 15(2). doi: 10.4238/gmr.15027057 Čítek, J., Řehout, V., Hanušová, L., & Přibyl, J. (2020). Gene polymorphisms influencing yield, composition and technological properties of milk from Czech Simmental and Holstein cows. Animal Bioscience, 34(1), 2-11. doi: 10.5713/ajas.19.0520 Cruz, V., López, B., & Gutiérrez, J. (2019). Genome-wide association study for milk fatty acids in Holstein cattle accounting for the DGAT1 gene effect. Animals, 9(11), 997. doi: 10.3390/ani9110997 Ferlic, J., & Horvath, S. (2016). WGCNA: Weighted Gene Co-Expression Network Analysis. Semantic Scholar. Available at: https://www.semanticscholar.org/paper/0f363871f09343763bbddb28967f1998569a0be4 Ghaderi-Zefrehei, M., Arjmand, F., Samadian, F., & Meamar, M. (2018). Extracting transcriptomic biomarker network in Staphylococcus aureus driven dairy cow’s mastitis using human genome. Animal Production Research, 6(4), 1-12. doi: 10.22124/ar.2018.2751 [In Persian] Ghavi Hossein-Zadeh, N. (2021). A meta-analysis of heritability estimates for milk fatty acids and their genetic relationship with milk production traits in dairy cows using a random-effects model. Livestock Science, 244, 104388. doi: 10.1016/j.livsci.2020.104388 Ghavi Hossein-Zadeh, N. (2024). An overview of recent technological developments in bovine genomics. Veterinary and Animal Science, 25, 100382. doi: 10.1016/j.vas.2024.100382 Guo, X., Li, Y., & Zhang, Y. (2023). Identification of key modules and hub genes involved in regulating the color of chicken breast meat using WGCNA. Animals, 13(14), 2356. doi: 10.3390/ani13142356 Han, J. D., Bertin, N., Hao, T., Goldberg, D. S., Berriz, G. F., Zhang, L. V., Dupuy, D., Walhout, A. J., Cusick, M. E., Roth, F. P., & Vidal, M. (2004). Evidence for dynamically organized modularity in the yeast protein–protein interaction network. Nature, 430(6996), 88-93. doi: 10.1038/nature02555 He, X., Li, Y., & Zhang, Y. (2024). Explorations on key module and hub genes affecting IMP content of chicken pectoralis major muscle based on WGCNA. Animals, 14(3), 402. doi: 10.3390/ani14030402 Ideker, T., & Krogan, N. (2012). Differential network biology. Molecular Systems Biology, 8(1), 565. doi: 10.1038/msb.2011.99 Kharrati Koopaei, H., & Mehrabani-Yeganeh, H. (2012). Effect of DGAT1 variants on milk composition traits in Iranian Holstein cattle population. Semantic Scholar. Available at: https://www.semanticscholar.org/paper/ce4114b3329f1588a3f006b0c6bc3a5748170e0c Langfelder, P., & Horvath, S. (2008). WGCNA: An R package for weighted correlation network analysis. BMC Bioinformatics, 9(1), 1-18. doi: 10.1186/1471-2105-9-559 Li, C., Sun, D., Zhang, S., & Liu, L. (2014). Genome-wide association study identifies 20 novel promising genes associated with milk fatty acid traits in Chinese Holstein. PLoS One, 9(9), e96186. doi: 10.1371/journal.pone.0096186 Li, F., Li, C., & Chen, Y. (2020). DGAT1 K232A polymorphism is associated with milk production traits in Chinese cattle. Animal Biotechnology, 32(4), 427-431. doi: 10.1080/10495398.2020.1711769 Liu, L., Li, C., & Sun, D. (2020). GWAS-based identification of new loci for milk yield, fat, and protein in Holstein cattle. Animals, 10(11), 2048. doi: 10.3390/ani10112048 Marchitelli, C., & Crisà, A. (2013). Milk fatty acid variability: Effect of some candidate genes involved in lipid synthesis. Journal of Dairy Research, 80(2), 165-173. doi: 10.1017/S002202991300006X Miao, L., Zhang, Y., & Li, Y. (2018). Weighted gene co-expression network analysis identifies specific modules and hub genes related to hyperlipidemia. Cellular Physiology and Biochemistry, 48(3), 1151-1163. doi: 10.1159/000491982 Mou, M., Li, Y., & Zhang, Y. (2024). Detection of polymorphisms in FASN, DGAT1, and PPARGC1A genes and their association with milk yield and composition traits in river buffalo of Bangladesh. Animals, 14(13), 1945. doi: 10.3390/ani14131945 Palombo, V., & Crisà, A. (2018). Genome-wide association study of milk fatty acid composition in Italian Simmental and Italian Holstein cows using single nucleotide polymorphism arrays. Journal of Dairy Science, 101(12), 11004-11019. doi: 10.3168/jds.2018-14413 Roy, R., & Khatkar, M. (2006). Association of polymorphisms in the bovine FASN gene with milk-fat content. Animal Genetics, 37(3), 215-218. doi: 10.1111/j.1365-2052.2006.01434.x Sari, E., & Todorovska, E. (2019). Weighted gene co-expression network analysis unveils gene networks associated with the Fusarium head blight resistance in tetraploid wheat. BMC Genomics, 20(1). doi: 10.1186/s12864-019-6161-8 Sun, D., Li, C., & Zhang, S. (2009). Effects of DGAT1 and GHR on milk yield and milk composition in the Chinese dairy population. Animal Genetics, 40(6), 997-1000. doi: 10.1111/j.1365-2052.2009.01945.x Szyda, J., & Komisarek, J. (2007). Statistical modeling of candidate gene effects on milk production traits in dairy cattle. Journal of Dairy Science, 90(6), 2971-2979. doi: 10.3168/jds.2006-724 Thaller, G., & Kühn, C. (2003). Effects of DGAT1 variants on milk production traits in German cattle breeds. Journal of Animal Science, 81(8), 1911-1918. doi: 10.2527/2003.8181911x Winter, A., & Krämer, W. (2002). Association of a lysine-232/alanine polymorphism in a bovine gene encoding acyl-CoA:diacylglycerol acyltransferase (DGAT1) with variation at a quantitative trait locus for milk fat content. Proceedings of the National Academy of Sciences, 99(14), 9300-9305. doi: 10.1073/pnas.142293799 Zhao, X., Li, Y., & Zhang, Y. (2020). Weighted gene co-expression network analysis reveals potential candidate genes affecting drip loss in pork. Animal Genetics, 51(4). doi: 10.1111/age.13006 | ||
آمار تعداد مشاهده مقاله: 84 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 53 |